絕大多數眼藥水除了含有治療成分外，還含有防腐成分。如果經常滴眼藥水，殺菌成分會破壞眼表結構，產生刺激癥狀。抗生素滴眼液應用最廣泛，包括細菌感染、病毒感染、真菌感染、衣原體感染等。這種眼藥水要在醫生指導下按療程使用。如果長期盲目使用抗生素，就會產生耐藥菌株。
眼藥水根據成分不同，治療效果也不同。如果在沒有確診的情況下，定期點壹些眼藥水，會造成不良後果，有些後果非常嚴重。比如有人眼睛幹澀不舒服，用了糖皮質激素眼藥水後馬上就覺得舒服了，所以經常服用這種眼藥水。由於這些藥物會抑制免疫功能，因此可能會引起嚴重的感染甚至角膜穿孔，這些藥物還可能引起激素性青光眼等嚴重後果。壹些眼藥水含有收縮血管的腎上腺素。當眼睛充血時，充血立即消失。這就是腎上腺素收縮血管，不清除淤血的原因。藥效過去後，淤血依然存在。有些人經常使用它。這種強大的血管收縮劑會影響眼睛的新陳代謝，很可能會加重眼部疾病。