1958年由第二軍醫大學藥學系8位教師組建朝暉制藥廠，掀開了藥廠發展史的第壹頁。當時以生產鋼鐵試劑為主，緊接著首家合成了利多卡因，當時屬國內首創，同時開發了國內首創的黃連素水提法。朝暉廠以低投入，高產出的業績為學校爭得了榮譽，年上交學校達20多萬元，為學校的基本建設作出了貢獻。
1969年10月，按中央指示，朝暉制藥廠隨第二軍醫大學遷往西安，壹部分在陜西黃陵縣開展黃連素的提取工作，另壹部分在現第四軍醫大學院內，開展了片劑生產工作。
1975年7月，朝暉制藥廠又隨第二軍醫大學回遷上海，開始了第二次創業。至80年代末，開發生產了目前藥廠的大部分生產品種，使藥廠走上了壯大的路程。
1987年，朝暉制藥廠成為現今已在國內醫藥行業頗有影響的“上海醫藥行業協會”的創辦單位之壹，成為首屆常務理事單位。
1990年，在總後、第二軍醫大學領導的直接關懷下，建成了新的制劑大樓，成為當時上海醫藥行業內較為先進的生產基地。
1991年移交二軍大科技產業局，1995年9月又劃歸藥學院管理。自藥學院接受管理後，先後引入11位軍人參與企業的管理運作，並引入至今仍為本廠主要創利產品——復方酮康唑軟膏，為降低企業負擔作出了最大貢獻。
1998年11月，朝暉制藥廠按中央統壹部署，移交地方政府管理。
1998年12月4日，朝暉制藥廠正式簽署移交協議，由寶山區人民政府羅店工業總公司管理。
2000年3月30日，公司註冊地正式轉移至寶山區羅店鎮撫遠路工業園區內。
2000年3月，復星朝暉藥業獲得噴昔洛韋乳膏(可由)及原料的生產批件，這是企業歷史上第壹個國家二類新藥證書。同時，企業開始著手建立“可”字系列商品名的新產品開發規劃。
2001年4月17日，復星朝暉新廠項目第壹樁正式打入了寶山羅店的地下。
2002年12月17~19日，復星朝暉藥業遷入新廠生產。老廠2002年12月19日起全面停產。
2002年12月底，復星朝暉藥業通過了由上海市藥品監督管理局組織的GMP省級初審。
2003年1月11~15日，復星朝暉藥業全面通過國家藥品監督管理局組織的GMP現場檢查。
2003年3月6日，復星朝暉藥業獲得國家級GMP證書。本次通過的劑型有：片劑、膠囊劑(均含抗腫瘤藥)、軟膏、顆粒劑、小容量註射劑、原料藥(鹽酸利多卡因)等八條生產線。
2003年5月，軟膏(非激素類)通過上海市藥品監督管理局的GMP檢查，6月獲得GMP證書。
2004年2月，根據復星朝暉藥業公司年報，2003年度企業圓滿完成了董事會下達的各項經濟任務，營銷收入再創新高，實現遷廠當年有贏利的企業目標。
2004年3月，公司獲得新藥鹽酸吡格列酮片(可成)及原料的生產批件，這是公司歷史上首個壹類新藥證書。
2004年4月，原料藥丙硫氧嘧啶、鹽酸丁卡因、去氧氟尿苷、乙酰谷酰胺、貝美格通過了GMP認證，獲得證書。
2004年7月，原料藥噴昔洛韋、門冬酰胺、羥苯磺酸鈣通過GMP認證，獲得GMP證書。
2004年9月，公司已上市7個新產品中6個被列入《國家基本醫療保險和工傷保險藥品目錄》內。這些品種分別是“可元”羥苯磺酸鈣膠囊、“可怡”依西美坦片、“可弗”去氧氟尿苷膠囊、“可蘋”馬來酸氨氯地平片、“可伊”美洛昔康片、“可成”鹽酸吡格列酮片。
2005年1月19日下午，復星朝暉與丹麥LEO公司在金威萬豪酒店舉行主題為“專業互補，強強聯手，惠澤健康”的項目合作新聞發布會。復星朝暉全面引進丹麥LEO的全球獨家產品夫西地酸乳膏(商品名：立思丁)的知識產權、技術工藝及原料，並由復星朝暉在中國境內申請註冊。同時，雙方願在不遠的將來進壹步擴大合作範圍。
2005年8月,公司申報的鹽酸布比卡因註射液和碳酸利多卡因註射液獲得國家食品藥品監督管理局“藥品註冊批件”，藥品批準文號：鹽酸布比卡因註射液（5ml:12.5mg國藥準字H20056440、5ml:25mg 國藥準字H20056441、5ml:37.5mg 國藥準字H20056442）、碳酸利多卡因註射液(5ml:86.5mg國藥準字H20055799)。因此公司系列表面麻醉劑產品繼鹽酸利多卡因、鹽酸丁卡因之後又多了二個新品種,逐步形成了表面麻醉產品系列。
2005年8月,復星朝暉藥業經上海市高新技術企業(產品)認定辦公室復審通過，上海市高新技術企業(產品)認定領導小組批準，再次榮獲2005年度高新技術企業稱號。