空氣傳播的真菌是最常見和最重要的吸入性過敏原之壹。孢子是室外空氣傳播真菌的主要過敏原，菌絲是室內和體內真菌的主要過敏原。空氣傳播的真菌可作用於致敏體的鼻粘膜和結膜，產生打噴嚏、流鼻涕、眼睛發癢等過敏癥狀。此外，氣傳真菌的孢子非常小，直徑只有幾微米，因此孢子不僅可以長時間漂浮在空氣中，還容易被吸入肺部深處引起咳嗽、喘息等哮喘癥狀。
室外真菌(如鏈格孢菌)明顯受氣候和環境因素的影響。在濕熱季節，植被覆蓋面積大，環境臟，空氣中空氣傳播的真菌孢子數量最多。下雨可以使空氣中的孢子數量突然減少，但雨過天晴後，空氣中的孢子數量會大大增加。因此，真菌過敏患者的病情可能是季節性的和波動性的。室外的真菌也可以通過通風進入室內，因此建議嚴重過敏患者在發病季節盡量待在室內，並保持門窗緊閉。
室內真菌(如煙曲黴、青黴菌)常生長在潮濕的室內環境，如地下室、廚房、衛生間，可誘發常年性過敏癥狀。合理使用空調可以通過降低濕度來抑制室內環境中真菌的生長，但如果不徹底清洗，空調的室內機本身就會成為真菌生長和傳播的源頭。冬春季節過度使用加濕器，水槽清理不及時，都會助長真菌的生長。通過避免在客廳鋪設地毯，定期打掃室內衛生，保持衛生間和廚房通風幹燥，必要時使用配有HEPA的空氣凈化器，可以減輕甚至避免真菌過敏患者的癥狀。
真菌過敏患者如果不能通過日常預防措施有效控制癥狀的發作，就需要去醫院，由專科醫生根據病情程度給予針對性的藥物治療。對藥物控制不滿意的患者可接受特異性過敏原免疫治療(也稱脫敏療法)，多數患者經過3-5年的治療可獲得長期穩定的治療效果。