例如
（1）酵母分解面粉，會使面團發酵；
（2）乳酸菌可分解牛奶，會使牛奶發酵而制作成酸奶；
（3）醋酸菌會使麩皮、小米和紅糧發酵，制作出醋。
（4）曲黴能分解糯米，使糯米發酵而制作出酒。談真菌的利用
真菌在生態系統中擔負著有機物分解的重任，在推動地球物質循環中功勛卓著。它種類繁多，目前，僅人類已經分類定名的就有12萬種以上。在現代人類生活中，真菌也以它們強大的酶系統，發揮著重要作用。
藥品制造：抗菌素類藥品，除由放線菌產生外，不少是真菌的次生代謝產物，如青黴素、頭孢菌素、梭鏈孢酸、灰黃黴素等。第壹例抗菌素青黴素的發現，催發了遍布世界的抗菌素工業，促進了生化制藥工業經濟的發展。雖然由於人類濫用抗菌素的失誤，導致了病菌抗藥性的增強，抗菌素面臨嚴峻的考驗。但世界各大制藥公司仍在高價收購荒原、高山、海底，乃至極地的泥土，以期找到新的抗菌素菌種，其中就包括許多屬於真菌的抗菌素生產菌。
原料生產：用真菌發酵生產化工原料，已形成龐大的發酵工業。最為典型的是酒精生產，由古老白酒生產工藝演化而來的酒精工業，是化學工業的支柱產業之壹，酒精作為重要的化工原料，在各國經濟的發展中舉足輕重。現在的酒精生產，可以利用甘蔗渣、桔桿等農副產品為原料。此外，檸檬酸、葡萄糖酸、氨基酸、核苷酸等化工原料的主產，同樣要依靠真菌。
發酵飼料：目前世界糧食總產每年都在16億噸上下徘徊，飼養業與人爭糧的矛盾十分突出。減少飼料用糧或實行無糧飼養，十分迫切。牛馬羊等家畜，由於胃腸的特殊結構和消化道內***生的微生物，能利用纖維，但豬卻對消化纖維無能為力。農產品中，數量最多的是桔桿，生物量以千萬噸級計，是取之不盡的飼料源，如果用真菌發酵轉化，使粗纖維、木質素變為多糖或單糖，就可以大大提高飼用價值。我國每年產農作物桔桿約5億噸，如果用20％做發酵飼料，就可抵400億公斤糧食，將大大節省飼料成本，並變“廢”為寶。我國新疆農科院微生物所的科研人員，對自然界的木質素和纖維素分解真菌進行篩選，用高效木質素分解菌、纖維素分解菌、有機酸發酵菌等，配伍成“桔桿發酵混合菌株”，解決了桔桿快速發酵難題。用此菌種處理麥桔，飼料中有機酸含量可達80.7％，蛋白質提高到10．7％（菌體蛋白），成了效價很高的發酵飼料。國外科學家也成功地配伍了木質纖維分解菌種，發酵效果與我國的不相上下。綠色木黴和康氏木黴，能分解纖維素，讓果膠變成搪，是發酵飼料和工業發酵的常用主要真菌。德國人用木黴和鐮刀菌固體發酵甜菜廢渣，得到蛋白質含量高達24％的優質飼料。我國四川的科技人員，培育出活性纖維素分解菌群，可把玉米桔桿中的粗纖維轉化成富含菌體蛋白的生物活性飼料。
煤的液化：我國的能源以煤為主，但燃煤排放的二氧化碳、二氧化硫等氣體和微粒，是大氣環境的主要汙染物。據國家環保局公報，目前我國的大氣汙染，已接近發達國家工業化後期的水平，到了非治理不可的程度。解決燃煤汙染的壹個重要方法，是實行煤的液化。煤雖然也可進行氣化，但中國礦業大學的專家認為，最好的辦法還是液化。用熱化學方法液化，需要高溫高壓，投資相當大，如果采用真菌液化，可以在常溫常壓下進行，既節省成本又能得到較為潔凈的液體燃料。低檔的煤結構與木質素相似，有壹種致植物白枯病的真菌，它產生的木質素酶和蟲漆酶，能輕易地解開碳鏈，在發酵床或發酵罐中將煤變成液體。此外，真菌還能吸附煤中的金屬離子，省去了分離工藝。
生物冶金：用細菌冶金，已在低品位的銅礦和金礦的開采中廣為應用。科學家研究發現，如果加入真菌，瀝濾的效果將更好。例如，在褐鐵礦或赤鐵礦的瀝濾液中加入產草酸真菌，能使鐵離子吸取效率成倍提高。在石英沙、高嶺土開采處理中加入黑曲黴類真菌，可以去掉礦石中50％的鐵，使礦沙的白凈度增高，燒制出的產品質量更好。真菌還能從尾礦液廢液中吸附重金屬，即使是已死亡的真菌的菌體，此種吸附性能也不變。美國有壹家礦產公司，用根黴在礦液中連續回收鈾，先用碳酸鈉同菌體拌和將鈾析出，再將菌體返回反應器吸鈾，取得極好的同收效果。真菌也能吸附微粒，在汙水或尾礦中采金、鉑等。
生物控制：用真菌制造農作物防病抗病農藥，已是廣泛應用的技術，科學家用疫黴屬真菌根除雜草馬利筋，用另壹種真菌控制雜草金雀花，均取得了巨大的成功。用腐黴屬真菌防治甜菜種子病、木黴屬真菌控制洋蔥枯爛病，也有明顯的效果。現在科學家已發現有400多種真菌對昆蟲和寄生蟲有殺傷作用，開發應用正密鑼緊鼓地進行。但真菌用於生物控制，涉及生態、環境等諸多方面的問題，須持十分慎重的態度。
環境保護：由於人類在開發利用地球資源上的認識偏差，使大氣、土壤和水體受到汙染，有的已經到了十分嚴重的地步，治理環境汙染已成為各國政府的重要任務。許多真菌是吸附重金屬、氰化物、汞化物的能手，因而真菌成了冶理這類汙染的理想手段。國外科學家從下水道汙泥中分離出7種高效治汙真菌，組成多菌團隊，處理氮磷廢水、制革汙水、重金屬汙水，效果很好。分解木質素的真菌，具有降解氯代聯苯、芳香烴環已烷等的能力，不但可以用於紙廠的生物制漿，還可以處理紙廠廢水，除去廢水中70％的有機氯。把白枯病等真菌用木屑培養後施入土壤，治理五氯代苯酚的汙染，效果特好，施入兩周後，每公斤土中有機氯就從50微克降至2微克。作為真菌利用的方向，科學家們正用生物工程技術組建各種超級工程真菌，用於環境治理。