自費疫苗是可以使用醫保卡來報銷。如果參保人員所產生的醫療費用在基本醫療保險藥品目錄、診療項目、醫療服務設施標準等範圍之內的，就可以用醫保卡來直接進行結算。目前我國疫苗分兩類。第壹類疫苗，是指政府免費向公民提供，公民應當依照政府的規定受種的疫苗，包括國家免疫規劃確定的疫苗，省、自治區、直轄市人民政府在執行國家免疫規劃時增加的疫苗，以及縣級以上人民政府或者其衛生主管部門組織的應急接種或者群體性預防接種所使用的疫苗。如卡介苗、乙肝疫苗、脊髓灰質炎糖丸疫苗、無細胞百白破疫苗、白破疫苗、麻風疫苗、麻腮/麻腮風疫苗、A群流腦疫苗、A+C群流腦疫苗、乙腦疫苗和甲肝疫苗等。第二類疫苗，是指由公民自費並且自願受種的其他疫苗，如B型嗜血流感桿菌疫苗、滅活脊灰疫苗、水痘疫苗、肺炎疫苗等；宮頸癌疫苗亦屬於第二類。
法律依據：
《中華人民***和國社會保險法》
第二十六條 職工基本醫療保險、新型農村合作醫療和城鎮居民基本醫療保險的待遇標準按照國家規定執行。
第二十八條 符合基本醫療保險藥品目錄、診療項目、醫療服務設施標準以及急診、搶救的醫療費用，按照國家規定從基本醫療保險基金中支付。
第二十九條 參保人員醫療費用中應當由基本醫療保險基金支付的部分，由社會保險經辦機構與醫療機構、藥品經營單位直接結算。社會保險行政部門和衛生行政部門應當建立異地就醫醫療費用結算制度，方便參保人員享受基本醫療保險待遇。
衍生問題：
上海打宮頸癌疫苗要收費嗎
目前我國疫苗分兩類。第壹類疫苗，是指政府免費向公民提供，公民應當依照政府的規定受種的疫苗，包括國家免疫規劃確定的疫苗，省、自治區、直轄市人民政府在執行國家免疫規劃時增加的疫苗，以及縣級以上人民政府或者其衛生主管部門組織的應急接種或者群體性預防接種所使用的疫苗。如卡介苗、乙肝疫苗、脊髓灰質炎糖丸疫苗、無細胞百白破疫苗、白破疫苗、麻風疫苗、麻腮/麻腮風疫苗、A群流腦疫苗、A+C群流腦疫苗、乙腦疫苗和甲肝疫苗等。第二類疫苗，是指由公民自費並且自願受種的其他疫苗，如B型嗜血流感桿菌疫苗、滅活脊灰疫苗、水痘疫苗、肺炎疫苗等；宮頸癌疫苗亦屬於第二類。