根據上述職責，市財政局設19個內設機構：
（壹）辦公室
負責機關日常工作的協調和督辦；負責文電、會務、機要、檔案等機關日常運轉工作；負責來信來訪、政務公開、安全保密、綜合治理、維護穩定工作；負責信息、綜合調研、宣傳報道等工作；負責人大代表建議、政協委員提案辦理工作；負責指導本系統對外交流、合作工作。
（二）人事科
負責機關和直屬單位機構編制、幹部隊伍建設、人事管理、勞動工資、教育培訓等工作；負責紀檢、監察工作；負責離退休人員管理服務工作；負責市直行政事業單位財務負責人的任免工作。
（三）機關財務科
負責機關和直屬單位財務會計、固定資產管理、基本建設、內部審計等工作；負責做好局機關幹部職工的醫保、社保等保險工作。
（四）綜合規劃科（市津貼補貼工作辦公室）
負責承擔物價、移民、住房公積金中心、國土資源儲備中心等方面的部門預算有關工作，研究提出相關財政政策；負責組織起草市本級非稅收入管理政策，承擔市本級非稅收入征收緩、減、免的審核和呈報；負責中長期財政規劃編制；負責市本級行政事業單位津貼補貼工作；參與征地拆遷補償政策制定和征地拆遷項目、公寓樓安置小區成本審核與資金監管；負責市本級土地儲備資金運行監管，參與市城區儲備土地收購審查及資金清算工作；負責市本級國有土地出讓收入征管；管理移民、體彩、福彩、價格調節等專項資金，負責審批全市行政事業性收費立項並參與標準核定；負責市本級彩票管理工作。
（五）稅政法規科
負責法律法規和政策的宣傳，提出組織實施意見；組織擬訂本行業法律法規和政策實施辦法；負責機關規範性文件合法性審核；負責行政執法監督工作；負責行政復議、行政應訴、行政賠償等工作；負責壹般增值稅退稅審核呈報工作；協助有關部門調處市直單位產權糾紛；負責地方稅源調查的有關工作，參加有關反傾銷的調查。
（六）預算科
負責制定和修訂地方預算管理制度；編制市本級年度預決算草案，匯總全市年度財政預算；承擔市直部門預算布置、審核、批復、調整及公用經費支出標準體系建設及項目庫管理工作，辦理預算追加事宜；負責制定地方財政轉移支付方案；負責財政年終結算；承擔向市人大報告預算編制、預算調整、預算執行情況和財政總決算的具體工作；負責財政供養人員信息庫管理工作；負責管理財政罰沒收入；負責指導縣市區預算管理工作。
（七）國庫科
負責國庫管理和總預算會計工作；負責國庫集中收付有關工作；負責全市預算執行情況分析和市本級收入組織協調工作；負責匯總編制預算外收支季報及執行情況分析；負責匯總編制市本級和全市財政總決算及部門決算；負責財政資金調度，管理市本級財政性資金賬戶；負責市本級行政事業單位賬戶設立的審核及年檢；辦理預算內外資金收支結算撥付；負責處理農村“兩會壹部”遺留問題；負責審計部門審計市級預算執行和其他有關財政收支情況的聯絡協調工作；會同有關部門，擬訂全市工資統發有關政策，組織市級預算單位工資發放工作；負責指導縣市區財政國庫和集中收付管理工作。
（八）行政政法科
承擔行政、政法等方面的部門預算有關工作，研究提出相關財政政策；組織實施《行政單位財務規則》等有關財務管理制度；負責制定會議費、差旅費等政府性開支標準；制定部門和項目資金的財務管理辦法；承擔統壹著裝管理工作；指導分管部門和單位的資產、財務管理，審核年度財務決算；負責市直行政基建管理工作。
（九）教科文科
承擔教育、科技、文化、廣播電視等方面的部門預算有關工作，研究提出相關財政政策；組織執行事業單位的財務管理制度；承擔義務教育經費保障機制改革的具體工作，按規定管理教育、文化等相關專項資金；制定部門、單位和項目資金使用的財務管理辦法；負責指導分管部門和單位的資產、財務管理，審核年度財務決算。
（十）經濟建設科
承擔建設、規劃、城管、國土資源、環保、交通、糧食、供銷等方面的部門預算有關工作，研究提出相關財政政策；負責城建資金的支出管理；對專項資金追蹤問效，參與財政投資重大項目的前期研究、項目評估和投資概算的確定及招標工作；組織實施基本建設財務制度；負責國家投資建設項目的財政財務管理；管理有關政策性補貼、節能減排、糧食風險基金、土地整理、交通發展及城市管理等專項資金。
（十壹）農業科
承擔農業、林業、水利、扶貧等方面的部門預算有關工作，研究提出相關財政政策；執行財政支農、財政扶貧政策；管理有關支農專項資金、財政扶貧資金、水利建設資金、防汛抗旱資金、農業救災防災資金、動物疫病防控等專項資金，並對專項資金追蹤問效；負責農業保險工作；負責指導農業綜合開發工作，會同有關部門管理農業綜合開發資金。
（十二）社會保障科
承擔人力資源和社會保障、民政、衛生、食品藥品監督管理、殘聯等方面的部門預算有關工作，研究提出相關財政政策；參與研究社會保障制度的改革並提出有關建議，完善並執行社會保障、就業、民政、衛生、殘疾人保障等政策；管理有關社會保障、就業、醫療衛生、社會救助及殘疾人保障等專項資金；研究擬訂有關資金（基金）財務管理制度；負責社會保障資金（基金）的財政監管以及預算、決算編審工作。
（十三）企業科
承擔經濟和信息、安全生產、國有資產監管等方面的部門預算有關工作，研究提出相關財政政策；參與分管部門行業發展規劃的研究制定工作；參與研究政府與國有企業分配政策，提出調整建議；參與研究國有資本經營預算的有關工作；組織實施企業財務制度和企業財務報告編制工作；管理有關科技、工業發展等相關專項資金，對專項資金追蹤問效；對財政支持的項目組織可行性分析論證，提出預算安排的重點及順序。
（十四）對外經濟貿易科
承擔商務、旅遊、外事等部門預算有關工作，研究提出相關財政政策；擬定和組織實施外經貿、旅遊和境外企業、外商投資企業和外事財務制度；負責外商投資企業年檢、年審及年報匯編工作；負責審核財政預算內行政、事業單位和社會團體非貿易購匯人民幣限額；管理招商、外事、旅遊等專項資金；擬訂國際金融組織、外國政府貸（贈）款項目的管理制度及辦法，承擔貸（贈）款的具體管理工作；參與招商引資服務工作。
（十五）績效評價科
研究制定財政支出績效評價政策、制度和辦法，建立財政支出績效評價指標體系和評價標準；組織實施市級財政支出項目的績效評價工作；建立健全績效評價資料信息庫，研究績效評價結果應用，為制定財政政策和分配財政資金提供依據。
（十六）會計科
負責全市會計管理工作，貫徹落實國家會計法律、法規和制度；負責擬訂會計管理規範性文件並組織實施；管理會計從業資格；按規定承擔全市會計專業技術資格管理工作；組織管理全市會計人員繼續教育工作；承擔指導和監督會計師事務所業務的工作；聯系指導會計學術理論研究及相關學會等工作；協助辦理市直行政事業單位會計負責人任免及會計人員獎懲考核工作；負責監督管理代理記賬機構；指導、監督和推廣全市會計電算化和會計信息化工作。
（十七）資產管理科
負責貫徹落實國家行政事業單位國有資產管理的有關法律法規；研究制定行政事業單位資產配置、使用、處置、監管等制度和辦法；負責市本級行政事業單位產權界定、資產清查、資產配置、資產使用、資產處置等監管工作；建立和完善行政事業單位國有資產信息系統，對國有資產實行動態管理；指導產權交易市場建設，監督管理行政事業單位產權交易事項；擬訂清產核資的有關政策和制度並組織實施。
（十八）監督檢查科（市財政監督檢查局）
負責擬訂財政監督檢查制度，協調財政監督檢查與其他經濟監督的工作關系，研究擬訂強化財政監督檢查的建議或措施；監督檢查財稅法規政策、制度和財經紀律的執行情況，對存在的問題依法進行處理，並提出完善財稅法規、財會制度和加強財政管理的意見和建議；監督檢查財政預算的編制與執行，各項財政收入的征管和財政資金的分配、使用、效益情況，主要包括本級預算收入征收部門征繳預算收入、國庫辦理預算收入的收納、劃分、留解、退付和支出撥付、使用以及下級財政上繳上級財政收入、有關部門征收、解繳、管理各項非稅收入等情況；負責企業國有資本金和會計信息質量的監督檢查；負責對財政專項資金實行績效監督；負責對追加財政資金實行審核監督；負責對市轄區的財政進行監督檢查；負責對違反財稅法規、政策和財經紀律、財務會計制度的行為進行檢查處理，並依法做好違規款項的收繳入庫工作；負責對國有資產、地方金融資產的保值增值情況和政府債務收支行為等其他領域的監督檢查；受理違反財稅法規、政策、制度的重大舉報案件，配合有關部門開展維護財經紀律的宣傳教育；監督檢查局內各科室、單位執行財政財務法律、法規、政策及財政預算編制、執行、調整等情況，對違紀違規問題提出處理意見；負責對全市財政系統財政監督檢查工作進行業務指導。
（十九）信息科
負責擬訂全市財政系統電子政務建設規劃，並組織實施；負責國庫集中支付計算機管理系統的建設、日常維護和數據備份工作；負責建設和管理市財政局機關局域網，指導和管理全市財政系統廣域網建設；負責對局機關各業務科室的計算機系統進行備份，並承擔其與財政業務有關的計算機集成和信息服務工作；負責局機關辦公自動化建設和計算機網絡系統的安全保密工作；負責局機關幹部計算機知識培訓。配合市財政投資評審中心有關市直行政事業單位信息化建設方案中資金的評審。
機關黨委。負責局機關和直屬單位的黨群工作。