1．進口列入《進口藥品目錄》管理的藥品（藥材除外），海關驗核國家食品藥品監督管理局授權部門簽發並加蓋“×××（授權口岸藥品監督管理部門）藥品監督管理局藥品進口備案專用章”的進口藥品通關單，並按規定辦理通關手續。“國家食品藥品監督管理局藥品進口備案專用章”適用所有允許藥品進口的口岸。
進口列入《進口藥品目錄》的藥材，海關驗核國家食品藥品監督管理局授權部門簽發並加蓋“×××藥品監督管理局藥品登記備案專用章”的進口藥品通關單，並按規定辦理通關手續。
進口列入《進口藥品目錄》屬於食品添加劑和藥品合成前體的非藥用物品，海關驗核口岸藥品監督管理部門簽發註明“非藥用，不需進行藥品口岸檢驗”的進口藥品通關單，並按規定辦理通關手續。
2．進口臨床急需藥品、捐贈藥品、新藥研究和藥品註冊所需樣品或者對照藥品等，必須經國家食品藥品監督管理局批準，憑國家食品藥品監督管理局核發的進口藥品批件，辦理進口備案手續，海關驗核進口藥品通關單，並按規定辦理通關手續。
進口暫未列入《進口藥品目錄》的原料藥，應當遵照《藥品進口管理辦法》的規定，到口岸藥品監督管理局辦理進口備案手續。
《藥品進口管理辦法》所稱進口備案，是指向允許藥品進口的口岸所在地藥品監督管理部門（以下稱口岸藥品監督管理局）申請辦理進口藥品通關單的過程。
3．藥品必須經由國務院批準的允許藥品進口的口岸進口，進口藥品的口岸必須與進口藥品通關單核準的口岸壹致。
(1)進口藥品（包括麻醉藥品、精神藥品、蛋白同化制劑、肽類激素）口岸：北京市、天津市、上海市、大連市、青島市、成都市、武漢市、重慶市、廈門市、南京市、杭州市、寧波市、福州市、廣州市、深圳市、珠海市、海口市、西安市、南寧市等19個城市所在地直屬海關所轄關區口岸。
(2)中藥材進口口岸：黑龍江省黑河、東寧，吉林省集安、長白、圖們、三合，內蒙古自治區二連浩特、滿洲裏，廣西壯族自治區憑祥、東興、龍邦，雲南省瑞麗、天保、景洪、河口，新疆維吾爾自治區阿拉山、霍爾果斯、吐爾尕特、紅其拉甫，西藏自治區樟木等***20個邊境口岸。
(3)國家食品藥品監督管理局確定的口岸/邊境口岸（食品）藥品監督管理局，以及口岸/邊境口岸（食品）藥品監督管理局與口岸/邊境口岸的對應關系詳見《關於進口藥材登記備案等有關事宜的公告》(國食藥監註[2005] 655號）附件1和附件2。
(4)《藥品進口管理辦法》第十條規定的生物制品、首次在中國境內銷售的藥品、國務院規定的其他藥品，進口口岸限定為北京市、上海市和廣州市3個口岸。其中《藥品進口管理辦法》第十條規定的生物制品為疫苗類、血液制品類及血源篩查用診斷試劑等。《國家食品藥品監督管理局規定的生物制品目錄》詳見國家食品藥品監督管理局、海關總署公告第9 號附件5。
4．進口藥品通關單實行“壹批壹證”制度，證面內容不得更改，如需更改，須換發新證。
5．口岸藥品監督管理部門不予進口備案、口岸藥品檢驗所不予抽樣或抽樣檢驗不符合標準規定的藥品，海關根據進口單位的申請，按規定辦理退運手續或移交口岸藥品監督管理局監督處理。
6．進口藥品通關單在報關單“隨附單據”代碼欄填報監管證件代碼“Q”，在編號欄填報進口藥品通關單編號。