同時，該所承擔著傳染病診治、細菌耐藥防治、細菌耐藥機制研究等科研任務。是科技部(原國家科委)第六個五年計劃、第七個五年計劃、第八個五年計劃、第十個五年計劃和863項目的承擔者，均已完成驗收。科技部重點項目抗感染新藥國家臨床試驗研究中心籌建於2000年通過驗收，正式成立。多年來獲得國家自然科學基金資助項目10多項。2005年獲國家重點基礎研究發展計劃973項目“重要傳染病病原體耐藥機制基礎研究”。該所副所長王明貴教授擔任組長，首席科學家。在抗菌藥物的合理應用、新型抗菌藥物的臨床研究、細菌耐藥的防治等方面獲得國家和部級成果獎20余項。自20世紀80年代以來，國內外已有數十種抗感染新藥進行了系統的臨床和實驗評價。目前是國家抗感染藥物臨床研究基地。
該所承擔了傳染病學的教學任務，為研究生開設了專業課，為醫學院本科生授課，培養了50多名博士和碩士。該所還承擔“藥物臨床研究”的培訓。2005年成立為國家醫藥產品管理局六大培訓中心之壹(現為復旦大學醫學院GCP培訓中心)，每年培訓200-500名來自全國各地的臨床醫生進行藥物臨床研究良好規範(GCP)的培訓。
多年來，該所在傳染病診治領域與國內外同行進行了廣泛的學術交流，並在上海成立了跨學科感染化療學會65438-0985。從1995開始，每兩年舉辦壹次全國傳染病與抗菌藥物化療學術會議；2000年9月經1995批準創辦的《抗感染化療雜誌》在國內外公開發行，即《中國抗感染化療雜誌》，為臨床醫學工作者開展學術交流提供了廣闊天地，促進了我國感染性疾病的診治和抗微生物化療水平的不斷提高。
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