根據基本醫療保險藥品目錄的有關規定，診療項目、醫療服務設施標準以及急診、搶救的醫療費用，按照國家規定從基本醫療保險基金中支付。新型農村合作醫療的報銷範圍是參合人員因病在定點醫院住院期間，在統籌期內發生的符合城鎮職工醫療保險報銷範圍的藥費、檢查費、化驗費、手術費、治療費、護理費中的部分（即有效醫療費用）。
新農合基金設立起付標準和最高支付限額。醫院年度起付標準以下的住院費用，由個人支付。在同壹統籌期內達到起付標準的，兩次或兩次以上住院發生的住院費用可累計報銷。超過起付標準的住院費用分段計算，累計報銷，每人每年累計報銷金額有最高限額。
下列情況不納入新農合報銷範圍：
（1）非區級定點醫院門診醫療費用（特殊病種門診治療費用除外）、不按規定就醫發生的費用、自購藥品發生的費用；
（二）計劃生育措施所需費用、違反計劃生育政策發生的醫療費用；
（三）（三）鑲假牙、正畸、驗光、助聽器、人工器官、美容、整容、矯形手術、康復性醫療（如：手術）等發生的費用。g.,氣功、按摩、推拿、理療、磁療等），以及住院期間發生的各類陪護費、就診交通費、出診費等雜費；
(iv) 在存在第三者責任的情況下，因交通事故、醫療事故、工傷等人身損害發生的醫療費用，由第三責任方承擔。
《中華人民共和國社會保險法》第三十條規定，下列醫療費用不屬於基本醫療保險基金支付範圍：
（壹）應當從工傷保險基金支付的醫療費用；
（二）應當由第三者負擔的醫療費用；
（三）應當由公共****；
（四）到境外就醫的醫療費用。
醫療費用依法應當由第三人負擔，第三人不支付或者無法確定第三人的，由基本醫療保險基金先行支付。先行墊付後，基本醫療保險基金有權向第三方追償。