根據上述職責，市食品藥品監管局設8個內設機構：
（壹）辦公室
配合有關部門貫徹實施國家保健食品和醫藥產業政策；負責會務、文電、機要、信息、宣傳、檔案管理和計生、統計、信訪、保密、保衛等工作；承擔指導全市藥品應急管理和信息化建設責任。
（二）政策法規處
組織擬訂有關保健食品藥品監督管理的地方性法規、規章草案，組織開展保健食品藥品監督管理法律法規的宣傳教育；承擔保健食品、化妝品、藥品、醫療器械行政執法監督責任；承辦行政復議、行政訴訟、聽證等工作，承擔規範性文件和行政處罰案件的審核責任。
（三）保健食品與化妝品監管處
承擔保健食品、化妝品監督管理責任；指導保健食品、化妝品安全檢測與評價工作及其體系建設；分析、預測並定期發布保健食品、化妝品安全信息。
（四）藥品安全監管處
承擔監督實施藥品、中藥材生產、醫療機構制劑質量管理規範責任；承擔麻醉藥品、精神藥品、醫療用毒性藥品、戒毒藥品和放射性藥品生產環節的監督管理責任；組織開展藥品不良反應監測，配合上級部門開展藥品的再評價；承擔監督藥品包裝材料生產、使用單位責任；協助做好中藥保護品種工作；承擔藥品生產質量管理規範跟蹤檢查和業務指導責任。
（五）藥品市場監督處
承擔監督實施處方藥、非處方藥、中藥材、中藥飲片的購銷規則和藥品經營質量管理規範責任；核發藥品經營企業（零售）許可證；承擔醫療用毒性藥品、麻醉藥品、精神藥品、放射性藥品、戒毒藥品和藥品類易制毒化學品銷售環節的監督管理責任；負責審批醫療用毒性藥品零售企業工作；承擔監督管理中藥材專業市場責任；承擔藥品經營質量管理規範跟蹤檢查和申報業務指導責任；承擔藥品廣告的日常監督責任。
（六）醫療器械監管處
承擔監督實施醫療器械、衛生材料產品的法定標準和產品分類管理責任；參與實施醫療器械質量認證和產品安全認證制度；核發第壹類醫療器械產品生產註冊證書，受省局委托核發市轄區二、三類醫療器械經營企業許可證（零售）；承擔監管醫療器械（含特種藥械）的科研、生產、流通和使用責任；組織開展醫療器械不良事件監測；承擔醫療器械廣告的日常監督責任。
（七）裝備財務處
承擔國家投資項目和基建項目的申報及項目實施中的資金管理責任；擬訂局機關和直屬單位裝備計劃並組織實施；承擔局機關和直屬單位財務、政府采購、國有資產管理責任；承辦局機關和直屬單位行政事業性收費的監督管理和內部審計。
（八）人事教育處
負責局機關、直屬單位的機構編制和人事管理工作；承擔對外交流與合作責任；負責市區保健食品、化妝品、藥品、醫療器械相關從業人員的教育培訓工作；承擔局機關及直屬單位離退休人員管理、服務工作。
機關黨委。負責局機關和直屬單位的黨群工作。
紀檢（監察）機構按照有關規定設置。