細胞周期檢查點（如G1期和S期之間的限制點後檢查）也需要蛋白酶體對細胞周期蛋白A進行降解，而細胞周期蛋白A被壹種稱為無絲分裂促進復合體（APC）的E3泛素連接酶泛素化。APC蛋白和Skp1/Cul1/F-box蛋白復合物（即SCF復合物）是降解細胞周期蛋白和控制檢查點的兩個關鍵調控因子；SCF復合物本身受APC蛋白調控，由於Skp2蛋白（SCF復合物中的壹個適配蛋白）可以在G1期向S期過渡時抑制SCF復合物的活性，因此通過泛素化Skp2蛋白，APC蛋白可以激活SCF復合物。細胞內外的信號都能誘導細胞雕亡或程序性細胞死亡。其結果是細胞內成分的解構，這主要是由特異性蛋白酶半胱天冬酰胺酶（caspase）完成的，但同時蛋白酶體也可能在細胞雕亡中扮演多種重要角色。蛋白酶體參與細胞雕亡過程的依據是，在細胞雕亡前，泛素化蛋白質以及E1、E2和E3的數量會增加；在細胞雕亡過程中，人們發現原本定位於細胞核的蛋白酶體會轉位到調節囊泡的外膜上。
抑制蛋白酶體會影響不同類型細胞的細胞死亡誘導，在所研究的大多數細胞類型中，抑制蛋白酶體會促進細胞死亡。不過，壹般來說，蛋白酶體並不是細胞調節的必要因素。此外，對於某些細胞系，尤其是原代培養中的靜止細胞和分化細胞，如胸腺細胞和神經細胞，接觸蛋白酶體抑制劑反而會阻止細胞雕亡。這種作用的機制尚不清楚，但有人假設這種現象只在靜止細胞中發生，或者是由於促雕亡激酶 JNK 的活性不同造成的。由於蛋白酶抑制劑能誘導快速分裂的細胞（如癌細胞）發生雕亡，因此人們開發了許多蛋白酶抑制劑，並將其用作治療癌癥的化療藥物。