十二指腸腺癌應行胰十二指腸切除術和胰腸吻合術，膽腸吻合術和胃空腸吻合術。有人認為十二指腸第壹、三、四段的早期腺癌可以采用切除該腫瘤段腸管的方法，範圍小，影響小。反對者認為，切除不徹底，如患者病情良好，年齡不超過70歲，體質能耐受胰十二指腸切除術，則胰十二指腸切除術根治效果良好。空腸和回腸腺癌應清除腸系膜上動靜脈周圍的脂肪淋巴組織。回腸末端腺癌應行根治性右半結腸切除術。
小腸腺癌的治療主要是手術。手術的基本原則是切除腫瘤所在的腸段，相應的腸系膜和淋巴結。小腸癌不同於平滑肌肉瘤。它是高度侵入性的，常累及腸系膜上動脈或靜脈的主幹，或固定在腹主動脈或下腔靜脈上。無法分離，只能姑息性短路操作。因此，如果腫瘤晚期不能切除，可以進行搭橋手術緩解癥狀，進行介入治療控制腫瘤生長。
對回腸腺癌，應在距癌竈近端和遠端10cm以上處做腸切除，並結紮此腸管的血管根(此血管分支從腸系膜上動靜脈開始)，切除腸系膜，清理腸系膜上動靜脈旁的淋巴脂肪組織。因為必須保護腸系膜上動靜脈，所以解剖範圍有限。回腸末端的淋巴引流是沿著回結腸動脈到腸系膜根部的，所以很難完全清掃這個區域的淋巴結，所以需要進行右半結腸切除術。如果腫瘤的局部條件允許，術中探查時有廣泛轉移的患者可以進行姑息性切除。不能切除且有梗阻者，行搭橋手術。
對低分化小腸癌化療、放療有壹定效果，術後應輔以化療、放療等綜合治療措施。