應用抗生素的原則:早期應用；充足的藥物治療；靜脈用藥是主要方法；當病原微生物未知時，選擇對金黃色葡萄球菌、鏈球菌和革蘭陰性桿菌有效的廣譜抗生素；當病原微生物已被分離時，應根據病原微生物對藥物的敏感性選擇抗菌藥物。
2.外科療法
以下情況應考慮手術治療:①瓣膜穿孔、破裂、腱索斷裂、難治性急性心力衰竭；②人工瓣膜置換術後感染無法通過藥物控制；③並發栓塞或化膿性並發癥，如化膿性心包炎、心肌膿腫；④其他藥物不能控制的感染，尤其是真菌和耐藥革蘭陰性桿菌心內膜炎；④心臟起搏器感染性心內膜炎主張手術拔除感染的電極導線。