由於艾葉中含有多種揮發油成分，艾葉在燃燒過程中會產生焦油，然後與煙霧顆粒壹起附著在艾灸盒內壁，形成黑色粘稠的油煙。艾灸盒需要定期清洗，否則會影響熱度和療效。艾灸鍋蓋也要定期清洗，減少油垢和煙垢的氣味。具體清洗步驟如下:
1.將臟盒子放入鍋中，加入清水(最好有淘米水)浸泡壹會兒。
2.加小蘇打，視需要清洗的艾灸盒數量而定。
3.加醋，視盒數而定。
4.大火燒開，關小火20分鐘，再攪拌壹會兒，把臟水倒掉。
5.重復同樣的方法壹次。第二遍可以少放小蘇打和醋，煮完就基本幹凈了。如果不幹凈，用抹布輕輕擦拭。擦拭後，用清水洗凈。如果有很強的自來水壓力，煮好後可以直接用水龍頭沖，比較方便快捷。