首先，代餐含有的人體所需的基本營養物質非常少。當人體的總攝入量小於人體的消耗量時，就可以達到減肥的目的。所以，如果每天堅持吃代餐，堅持壹段時間，確實可以瘦下來，但是瘦下來的不是脂肪的重量，很可能只是水的質量。因為脂肪只有在人體能量供應充足後才會燃燒，如果人體能量供應不足，就會儲存脂肪。所以代餐雖然可以瘦，但不能包含人體所需的全部營養，所以瘦只是壹種非常不健康的瘦，並不是持久的減脂方法。如果長期食用，可能會給身體帶來壹些負面影響。
其次，如果代餐使用不當，可能會導致長期營養不良。因為人體所需的壹些蔬菜、水果、肉、蛋、奶等天然營養物質的攝入長期不足，沒有辦法維持人體的基本運轉，就會導致營養不良，細胞修復能力減弱，免疫力下降，皮膚彈性差，代謝能力下降，對各種機體造成嚴重損害。
最後，食用不當可能導致肥胖反彈。因為代餐可以在短時間內達到瘦身的效果，但如果不能壹直堅持，壹旦恢復正常飲食，反彈嚴重。有些人甚至暴飲暴食，對人體的傷害會很大。所以用代餐的時候最好閉上嘴，叉開腿，這樣減肥會更健康更持久。