膜必須定期清洗以保持壹定的膜滲透通量並延長其壽命。清洗方法通常根據膜和處理液的性質來確定。通常和反滲透差不多，就是先用水力沖洗，再根據情況用不同的化學清洗劑沖洗。例如，含離子的增溶劑可用於電塗材料，而“橋鍵”溶劑可用於水溶性有機塗料。食品工業中的蛋白質沈澱可以使用蛋白酶溶劑或基於磷酸鹽和矽酸鹽的堿性洗滌劑。無機鹽在膜表面形成的沈澱可被螯合劑如EDTA或酸和堿溶解。對於不同的膜組件，可以選擇不同的清洗方式，比如管式組件可以用海綿球進行機械清洗，中空纖維組件可以進行反洗。用於食品工業的薄膜，消毒處理(使用NaOH和H2O2等。)是需要的。
物理方法是利用儀器的力量去除膜表面的汙染物，沒有任何化學反應，所以比較簡單方便健康。下面簡單介紹幾個比較實用的。1.對於膜孔不是特別細的壹般可拆卸式超濾濾芯，可以直接拆卸，用軟性物質擦拭，清水沖洗即可。2.用海綿球擦洗，根據膜管直徑選擇合適的海綿球，通過膜管用專用設備擦拭清洗，可反復使用。3.熱水沖洗法是將水加熱到(30-40℃)，然後沖洗膜表面，除去那些粘性或熱熔性雜質。
保護
超濾膜通常在使用前浸泡在保護液中密封保存，以防止濕膜脫水後收縮，膜孔變小，膜結構被破壞，水通量下降。短期存放:若超濾膜暫停使用(少於10天)，應滅菌反洗壹次。在反沖洗水中加入15ppm(ml/L)的HY-240殺菌劑後，應關閉超濾膜的進水閥、出水閥和調節閥，以維持超濾膜的密封和殺菌功能。長期保存:若超濾膜長期停用(10天以上)，應對超濾膜進行壹次滅菌反洗，然後向超濾膜內註入HY-310保護液進行密封保存(最好是RO水)。