處方調配的壹般程序是認真審核處方，準確調配藥品，正確書寫藥袋或粘貼標簽，標註患者姓名和藥品名稱、用法、用量、包裝；
向患者交付藥品時，按照處方用法或者藥品說明書，進行用藥交代與指導，包括每種藥品的用法、用量、註意事項等。
（1）處方審核
1、審核資質
執業藥師或具有藥師以上專業技術職務任職資格的人員負責處方審核、評估、核對、發藥以及安全用藥指導；
未取得相應資格者在藥師指導下從事處方調配工作。
2、審核內容
藥學專業技術人員應當認真逐項檢查處方前記、正文和後記書寫是否清晰、完整，並確認處方的合法性。
3、審核用藥適宜性
藥師應當對處方用藥適宜性進行審核，審核內容包括：
1規定必須 做皮試的藥品，處方醫師是否註明過敏試驗及結果的判定；
2處方用藥與臨床診斷的相符性；
3劑量、用法的正確性；
4選用劑型與給藥途徑的合理性；
5是否有重復給藥現象；
6是否有潛在臨床意義的藥物相互作用和配伍禁忌；
7其他用藥不適宜情況。
藥師經處方審核後，認為存在用藥不適宜時，應當告知處方醫師，請其確認或者重新開具處方。
藥師發現嚴重不合理用藥或者用藥錯誤，應當拒絕調劑，及時告知處方醫師，並應當記錄，按照有關規定報告。
（2）藥品調配
處方經藥師審核後方可調配；
對處方所列藥品不得擅自更改或者代用，調配處方後經過核對方可發藥；
處方審核、調配、核對人員應當在處方上簽字或者蓋章，並按照有關規定保存處方或其復印件；
銷售近效期藥品應當向患者告知有效期。
藥師調劑處方時必須做到“四查十對”：
查處方，對科別、姓名、年齡；
查藥品，對藥名，劑型，規格，數量；
查配伍禁忌，對藥品性狀，用法用量；
查用藥合理性，對臨床診斷。
（3）發藥及用藥交代與指導
調劑藥師拿到調配好的藥品後進行核對，以適當的方式標明用法用量等信息，將所調配的藥品逐壹發放給患者，並進行用藥交代與指導。
用藥交代與指導是調劑的最後環節，藥師運用綜合醫藥學知識，用簡單明了、通俗易懂的語言或其他方式指導患者正確使用藥物。
用藥指導的內容包括所調配藥品的用法、用量、適宜的用藥時間、藥物劑型的正確使用、註意事項、用藥禁忌證、藥品貯存、藥品不良反應信息等。