（壹） 辦公室——負責協調學院的行政管理工作，承擔文秘、保密、檔案、宣傳、接待、外事等工作。
（二） 黨委辦——公室負責黨委組織、宣傳、統戰、黨建等工作。
（三） 監察室——負責紀檢監察、審計工作。
（四） 人事處——負責機構編制、人事、勞資、社保、離退休人員管理等工作。
（五） 學生工作處（與團委、招生辦、就業指導中心合署）——負責學生思想教育和日常管理；負責招生、畢業生就業指導工作。
（六） 教務處 ——負責教學管理和學籍管理，組織教學質量監控與教學評估，開展高教研究；協調各系教學工作，負責實驗室的管理。
（七） 科研處——負責科技管理工作；承擔中央和省下達的中藥及其他科研任務。
（八） 財務處——負責計劃、財務、資產管理等工作。
（九） 後勤管理處——負責基本建設規劃、管理和後勤服務實體監督指導等工作。
（十） 成教培訓處——負責成人學歷教育、繼續教育、職業技能培訓教育等工作；承擔有關培訓任務。
（十壹） 保衛科——負責學院安全保衛、校園道路交通安全、消防管理。 （壹） 制藥系
（二） 中藥和生物系
（三） 藥學系
（四） 食品科學系
（五） 化妝品科學系
（六） 管理系
（七） 醫療器械系
（八） 基礎部
（九） 思想政治理論課教學部 藥學專業
培養目標：本專業培養能夠從事藥物制劑、醫藥商品營銷、藥物質量檢驗、藥學服務等方面的高素質技能型專門人才。
主要課程：實用藥物化學、中藥化學、生物化學、醫學基礎（人解、生理、病理）、中醫藥學基礎、藥事管理與規範、實用藥理基礎、藥物制劑技術、藥物檢驗技術、臨床醫學概論、臨床藥物治療學等。
主要技能考證：醫藥商品購銷員（高級）、醫藥商品營業員（高級）、藥物檢驗工（高級）、藥物制劑工（高級）
就業方向：醫院、藥廠、藥檢所、醫藥經營公司、藥品批發和零售企業、藥品監管部門及其他與藥學相關的單位，從事藥品生產、檢驗、經營、管理和藥學服務等工作。
藥物分析技術專業
培養目標：本專業培養能夠從事原料、輔料、半成品、成品的分析檢驗以及藥品生產過程質量監控、藥品質量管理工作的高素質技能型專門人才。
主要課程：分析化學、儀器分析、中藥材鑒定基本技術、微生物學基礎、藥物檢驗技術、中藥制劑檢驗技術、藥品生物檢定技術、藥事管理與法規、藥物制劑技術等。
主要技能考證：藥物檢驗工（高級）
就業方向：各級藥品檢驗所及藥品生產企業的原輔料檢驗、成品檢驗、藥品的生物檢定等崗位，以及藥品生產質量監控、藥品生產質量管理、藥品倉庫質量管理、藥品經營企業質量驗收等崗位。 藥物制劑技術專業
培養目標：本專業培養能夠勝任藥物制劑生產、管理和經營等各環節工作，掌握藥學、藥物制劑等方面基本理論知識和基本操作技能，適應藥品生產和管理、經營、服務第壹線的高素質技能型專門人才。
主要課程：藥物制劑技術（國家級精品課程）、實用藥物學(含藥化、藥理)、藥物檢驗技術、藥物制劑設備使用與維護、GMP實務、基礎化學、醫藥基礎、藥品安全生產知識、微生物學與生物化學基礎、藥用輔料、藥事管理與法規、實用物理藥劑學等。
主要技能考證：藥物制劑工（高級）
就業方向：藥品生產企業（中、西制藥廠）、醫院制劑室、藥房、醫藥公司及其它與藥學有關的單位，從事藥品生產和管理、經營、服務等工作。 中藥專業
培養目標：本專業培養能夠從事藥用植物栽培、中藥購銷、中藥加工炮制、中藥養護、中藥鑒定和質量檢測的高素質技能型專門人才。
主要課程：中醫學基礎、中藥學、方劑與中成藥、藥用植物識別技術、中藥鑒定技術、中藥炮制技術、中藥調劑技術、中藥貯存與養護、中藥制劑技術、中藥制劑檢驗技術。
主要技能考證：中藥購銷員（高級）、藥物檢驗工（高級）
就業方向：中藥經營企業、醫院中藥房、中藥飲片加工企業和中藥養護等相關部門，從事中藥材栽培、中藥商品購銷和管理、中藥加工炮制、中藥養護、中藥檢測等工作。
中藥制藥技術專業
培養目標：本專業培養能夠從事中成藥、中藥飲片生產和鑒定、檢驗、調劑的高素質技能型專門人才。
主要課程：中藥鑒定技術、中藥炮制技術、中藥制劑技術、中藥制劑檢驗技術、中藥制藥設備、藥品生產質量管理等。
主要技能考證：中藥制劑工（高級）、中藥調劑員（高級）
就業方向：中藥生產企業、中藥飲片加工企業、中藥經營企業、醫院、藥檢部門的中藥檢驗及其它與中藥有關的單位部門，從事中藥加工、制劑生產、調劑、質量監管等工作。
生物制藥技術專業
培養目標：本專業培養能夠從事生物藥物生產和檢驗的高素質技能型專門人才。
主要課程：微生物與免疫學、生物化學與分子生物學、生物制藥設備、現代發酵技術、藥物制劑技術、生物藥物檢驗技術、生物制藥工藝。
主要技能考證：藥物制劑工（高級）
就業方向：生化制藥、生化農藥、疫苗研制、藥品生產質量管理等生產企業，商檢、衛生檢驗部門及其它與生物制品、生化藥品相關的部門，從事生物領域的生產操作、分析檢測、質量控制、新技術應用及市場營銷等工作。 藥品經營與管理專業
培養目標：本專業培養能夠從事藥品經營與管理工作，具有較紮實的藥學知識、醫學知識、醫藥企業管理知識和醫藥營銷知識，具有比較熟練的藥品經營管理技能技巧和較好開拓精神的高素質技能型專門人才。
主要課程：藥品市場營銷、藥物商品知識、中藥商品知識、藥品經營質量監控（含藥事管理、GSP實務、經濟法）、醫藥企業經營與管理、醫學基礎、商務基礎、商務會計與實務、醫藥基礎、消費者心理學等。
主要技能考證：醫藥商品購銷員（高級）、醫藥商品營業員（高級）
就業方向：藥品生產企業、藥品批發經營企業、藥品零售和連鎖經營企業、醫院及其它與藥品經營有關的企業，從事基層藥品經營管理、醫藥商品推廣、醫藥營銷策劃、醫藥商品采購、藥品銷售、藥品驗收、藥品保管與養護等工作。
醫藥營銷（藥品營銷）專業
培養目標：本專業培養能夠勝任醫藥營銷工作，具有紮實的醫學知識、藥學知識和市場營銷知識，具有熟練的醫藥營銷技能技巧的高素質技能型專門人才。
主要課程：疾病與用藥、中藥與中藥調劑、醫藥市場研究與開發、醫藥商品銷售促進、醫藥企業投標與銷售合同簽訂、零售現場管理實務、客戶服務管理實務、銷售團隊管理、銷售人員自我管理等。
主要技能考證：助理醫藥營銷師（高級）、醫藥商品購銷員（高級）、醫藥商品營業員（高級）
就業方向：制藥企業、藥品批發企業、藥品零售企業及其它與藥品營銷有關的企業，從事醫藥商品市場研究與開發推廣、醫藥產品的介紹、推薦、銷售及售後服務、基層營銷管理等方面工作。
物流管理專業
培養目標：本專業面向醫藥物流企業和醫藥企業物流部門，培養能夠從事醫藥商品進貨、存儲、配送、物流客戶服務與物流服務營銷等醫藥物流企業壹線物流操作的高素質技能型專門人才。
主要課程：物流技術裝備與應用、物流基礎、醫藥企業運作實務、醫藥商品倉儲與配送、醫藥物流法規、物流客戶服務與物流服務營銷、醫藥商品、醫藥物流質量管理等。
主要技能考證：助理物流師、醫藥商品購銷員（高級）
就業方向：醫藥物流企業、醫藥企業的物流部門及其它與物流有關的企業，從事商品存儲、配送、物流現場管理、物流客戶服務與服務營銷、物流英語等工作。 應用化工技術（化妝品應用與管理）專業
培養目標：本專業培養具有化妝品生產、質量檢驗、經營、管理、使用等知識和實際技能的高素質技能型專門人才。
主要課程：化妝品配方設計與制備工藝、香精香料工藝、化妝品微生物、化妝品質量檢驗技術、天然活性化妝品、表面活性劑工藝、化妝品管理與法規、化妝品市場營銷、美容常識與化妝技巧、化妝品安全與有效評價、化妝品網絡資源應用與文獻檢索等。
主要技能考證：化妝品配制員（高級）、化妝品檢驗員（高級）
就業方向：化妝品生產、質量控制、經營和管理等有關工作。 醫療器械制造與維護專業
培養目標：本專業培養能夠從事醫療器械生產、安裝、調試、維護和檢驗的高素質技能型專門人才。
主要課程：醫藥基礎、臨床醫學概論、電路分析基礎、模擬電子技術、數字電子技術、醫用電子儀器、醫用X線機、醫用大型影像設備、醫用超聲診斷儀器、醫用檢驗分析儀器、醫療器械管理與法規、醫療器械產品管理實務、醫療器械維護實訓、醫療器械商品綜合實訓等。
主要技能考證：醫療器械質量管理員（高級）
就業方向：醫院、醫療器械生產企業、檢測中心、經營公司等單位，從事醫療器械的生產、檢測、維護及管理工作。
醫療器械制造與維護（醫療器械營銷）專業
培養目標：本專業培養具有較強的醫療器械營銷業務與管理實踐能力，能夠從事醫療器械的營銷及基層營銷管理工作的高素質技能型專門人才。
主要課程：常見醫療器械產品、醫療器械法規與監督管理、醫藥市場研究與開發、醫療器械銷售促進、醫藥企業投標與銷售合同簽訂、客戶服務管理實務、銷售團隊管理、銷售人員自我管理等。
主要技能考證：醫療器械購銷員（高級）
就業方向：醫院、醫療器械生產企業、經營公司等單位，從事醫療器械的營銷及基層營銷管理工作。 食品藥品監督管理（食品質量與安全監管）專業
培養目標：本專業培養能夠在食品生產、經營、消費過程中從事質量控制及監督管理工作的高素質技能型專門人才。
主要課程：食品安全導論、食品標準與法規、食品質量管理基礎、食品安全風險管理與控制、食品質量檢測技術、食品化學、食品營養與衛生、食品質量與安全信息化管理、食品企業實務等。
主要技能考證：食品檢驗工、食品營養師等
就業方向：食品生產、經營企業、各級食品監督管理機構,從事食品生產、經營過程質量控制及監督管理等工作；海關、商檢、技術監督和衛生監督管理單位從事食品質量分析檢測和監督工作。
食品營養與檢測專業
培養目標：本專業以食品檢驗技術為特色，服務面向食品行業、農產品加工業，培養能夠從事食品分析與檢驗、產品質量安全控制等工作的高素質技能型專門人才。
主要課程：食品化學、化學原理與分析、儀器分析、食品理化檢驗、食品微生物檢驗、食品感官檢驗、食品營養與衛生、食品質量管理基礎、實驗室管理、功能性食品生產等。
主要技能考證：食品檢驗工職業資格證等
就業方向：大中型食品企業、農產品加工業、保健品行業、食品檢驗相關機構，從事食品原輔材料、半成品、成品的檢驗及衛生檢驗崗位工作。 經廣東省教育廳批準備案，廣東食品藥品職業學院與澳大利亞博士山學院（Box Hill Institute of TAFE）進行合作辦學，列入普通高考招生計劃。國際學院目前有近200名學生在讀，他們正順利地進行相關課程的學習。
澳大利亞博士山學院位於澳大利亞第二大城市墨爾本，是壹所大型公立職業及繼續教育學院，被澳大利亞政府評為澳大利亞最佳職業及繼續教育學院之壹。 培養目標：本專業培養能夠勝任生物制品研發和生產的相應工作，具有流利的英語交流和工作能力，具有與國際接軌的以生物制藥技術專業為支撐的知識技能和文憑，具有較強解決問題的綜合能力的醫藥行業國際高技能復合型人才。
主要課程：Perform Aseptic Techniques（無菌技術操作）、Perform Microscopic Examination（顯微檢驗操作）、Perform Chemical Tests and Procedures（化學試驗及其程序操作）、Use Laboratory Application Software（使用實驗室應用軟件）、Occupational Health and Safety（職業健康與安全）、Communicate with Other People（人際溝通）、生物藥物制劑技術、生物制藥設備。
主要技能考證：生物制藥檢驗員（高級）、藥物檢驗高級工（高級）
就業方向：生化制藥、生化農藥、疫苗研制生產（或研發）單位，藥物檢驗部門以及與生物制品相關的其他單位，從事生物制品研發的實驗室工作、生物制品生產的操作、質量控制和檢驗等工作。 培養目標：本專業培養能夠勝任藥品流通領域等藥品經營與管理工作，具有流利的英語交流和工作能力，具有與國際接軌的以藥品經營與管理專業為支撐的知識技能和文憑，具有較強解決問題的綜合能力的醫藥行業國際高技能復合型人才。
主要課程：A Profile the Market（市場評估與細分）、Manage the Marketing Process（營銷過程管理）、Develop Marketing Strategies（制定市場營銷戰略）、Report on Financial Activity（擬定財務報告）、Lead A Sales Team（銷售團隊的管理）、Produce Business Documents（商務文書的制作）、醫藥商品學、藥品經營與管理。
主要技能考證：醫用商品采購員（高級）、醫用商品營業員（高級）、醫用商品供應員（高級）、藥品保管養護工（高級）
就業方向：與藥品流通、藥品經營與管理相關的單位，從事藥品的市場研究和策劃以及營銷控制和管理等工作。