壹、基因克隆
必須得有這個需要被轉的基因。現在最廣泛使用的BT蛋白基因和抗草甘膦基因，就來自於兩種細菌。因此，細菌來源的基因，也可以在植物中起作用。通過序列比對和分析，並加上如今豐富的基因組數據庫，我們可以很容易的找到和確定目標基因的序列。然後，利用最常用的PCR手段，就能將我們所需的基因片段，從原來的生物基因組中克隆出來。
二、載體構建
把這壹段目的基因，通過酶連接到壹個特定質粒分子上，構成壹個插入目的片段的新的質粒分子。
三、轉化
這壹步需要用到農桿菌。農桿菌是壹類土壤細菌。在它“從良”之前，它經常會侵染植物，讓侵染部位細胞大量分裂，形成小疙瘩，我們稱為“冠癭”。利用生物工程手段改造了農桿菌這壹區段DNA，保留了農桿菌將自身片段插入植物能力，但是去除了合成生長素和營養物質的基因，並且還加入了壹些“裝載位點”，方便我們“裝貨”。這段被改造的DNA，其實就是我們上面說到的特定的質粒分子。等目的基因被包裝好之後，就會把它轉入農桿菌體內，然後，攜帶有包裝好目的片段的農桿菌，就可以去侵染植物了。由於植物具有厚厚的細胞壁，因此，人們壹般選擇較為幼嫩的部位來讓農桿菌侵染，對於玉米，多使用花粉管來侵染，而對於大豆，則采用莖尖分生區來侵染。在侵染後，農桿菌這個勤勞的運輸員，就將攜帶（但不止含有）目的基因的DNA片段轉入植物體內，並整合到植物基因組上，來完成“運輸”和“安裝”過程。除了農桿菌轉化外，還可以利用基因槍或電轉化法進行轉化。
四、篩選
當DNA片段插入植物基因組後，這個基因能夠產生壹定的信號，告訴人們“貨已到位”。這個基因就是報告基因。通常使用的報告基因是壹個編碼能夠分解抗生素的基因。
當這個基因進入植物基因組後，植物組織就不再害怕培養基中添加的抗生素了，這樣，能在培養基上存活的，就都是“貨已到位”的植物組織了。這壹方法十分便捷，因此在科研中很常用，第壹代轉基因作物也大多采取這壹策略。不過，對抗抗生素畢竟會引起壹些人對於抗生素抗性泛濫的擔憂。雖然轉基因植物對抗生素的抗性很難傳播，但是為了打消人們的憂慮，科學家們還研發了“非抗生素篩選體系”。但是，事情還沒有完全結束，這些“轉基因植物”還需要通過壹個十分重要，但也經常被外行人忽略的檢測，那就是判斷目的基因是否正常表達。由於目的基因的性質十分多樣，因此，檢測的手段也是多樣的。例如，通過熱不對稱交錯PCR，我們可以確定目標基因在植物基因組上插入的位置、通過Real-time PCR以及western雜交檢測目標基因表達水平、甚至通過轉錄組和代謝組學技術分析植物基因組規模的表達以及產物變化的情況等等。但對於要生產目標是商業化種植的轉基因植物來說，原則就是，目標基因所具有的性狀壹定要產生；同時，盡量不產生其他非目標的性狀；如果出現非目標性狀，那麽也必須是無害的。通過以上檢驗最終獲得的成品，才是壹株真正意義上的轉基因植物了。