公司擁有投入巨資興建的南京金陵制藥廠、合肥利民制藥廠、福州梅峰制藥廠、浙江天峰制藥廠四大藥品生產基地，且已全部通過國家GMP認證。工廠具備生產加工固體制劑、小針劑、大輸液、口服液、海綿劑、滴眼劑、霜劑、搽劑等多種制劑、二百多個中西藥品種的能力，同時建有年處理能力近萬噸的現代化中藥材提取生產線。其中投入2.4億元興建的南京金陵制藥廠為國家中藥現代化生產示範基地。
公司依托兩大商業公司——南京華東醫藥有限公司與南京益同藥業有限公司，在全國建立了較為健全的市場網絡。兩大商業公司均已通過了國家GSP認證，在全國主要城市和地區設有辦事處，下屬三十家金陵大藥房。
公司擁有企業博士後科研工作站、國家中藥註射液中試基地。公司技術中心建有裝備先進的研究室、與上海中醫藥大學聯建的中藥新藥研究聯合實驗室，科研人員中研究生學歷占40%以上，高級職稱占15%以上，目前在研品種二十多個。其中脈絡寧的二次開發、研究項目已被列入國家科技部“十五”重大專項。
公司分別在雲南、浙江、河南等地建有五大原料藥材現代化GAP種植基地，旨在運用先進的組培辦法和育苗技術，推進原料藥材規範化綠色種植工程，實現中藥材種植的GAP目標。
公司的保健食品生產基地——金陵藥業南京金威保健品分公司。主要生產復活牌蜂王漿凍幹粉及膠囊、螺旋藻膠囊及口服液。
公司主要產品和品種有：脈絡寧系列產品、塞萊樂、雙香排石顆粒、速力菲、胃得安、香菇多糖、絲白袪斑軟膏、筋絡寧、慢咽寧、明膠海綿等壹百六十多個產品與品種，其中“脈絡寧註射液”、“胃得安片”、“香菇多糖註射液”為國家中藥保護品種。脈絡寧註射液是擁有自主知識產權的獨家中藥制劑，是公司的主導產品，具有預防和治療心腦血管疾病的獨到效果。