連鎖藥店對單體藥店的吸引力主要在GSP認證上，因為相關政策規定，如果連鎖店數量超過10家，只需要抽查30%的門店，那麽自己人頭落地的概率顯然比單體藥店小很多。而且大部分小藥店也不具備進行GSP改造的資金實力。正是這個好處，讓全國很多小藥店對加盟表現出不同尋常的熱情。
原因壹:加盟連鎖藥店經營成本較高。
不鼓勵小藥店加盟。除了連鎖藥店經營狀況不佳，還有連鎖藥店的統壹配送體系。理論上講，連鎖總部統壹采購應該比個體藥店更能降低采購成本，但事實並非如此。
除了破損、過期等原因，連鎖店配送給加盟店的藥品壹般都不願意退貨，加盟店必須從總店進貨。此外，加盟店還要向總公司繳納大量的加盟費和品牌使用費。各種負擔算在壹起，比開壹家單體藥店的成本高多了。正是這種利益沖突，使得很多單體藥店對加盟不感興趣。
原因二:連鎖藥店對加盟店的選擇要求很高。
鑒於目前藥品零售行業普遍經營困難，部分加盟商違規經營藥品給總公司帶來的惡劣影響，連鎖藥店在選擇加盟商時也十分謹慎。往往壹些地段好、沒有不良經營歷史、效益好的單店都能入其眼，但像這樣優秀的單店往往不願意加盟。
連鎖店也有很多困難，增加加盟店會導致經營成本劇增。比如增加配送車輛和人員，必然會增加藥品的配送成本，同時為了保證藥品配送充足，需要增加藥品儲備，從而增加藥品的儲存面積和倉庫的維護成本。而這些新增成本必須在藥價上平攤。
原因三:高風險使得連鎖藥店選擇謹慎。
目前廣州近壹半的連鎖店處於虧損或持平狀態。這個時候吸收單體藥店，只會拖累其負擔和經營風險。因為藥品的零售利潤在逐漸下降，壹些單店為了生存，往往在進貨渠道上違規操作，吸收這些單店必然會增加管理成本，而壹旦單店出現問題，整個商業鏈條上的其他店都會受到影響。
根據相關政策規定，如果30家店以下的新加盟連鎖企業數量超過總數的50%，或者30家店以上的新加盟連鎖企業數量超過總數的30%，就必須重新通過GSP認證審核，這對連鎖企業來說也是壹種風險。