適應癥不妥
不管幹擾素還是拉米夫定，都有嚴格的適應癥，不是所有的感染乙肝病毒的人都能應用。這兩種藥***同的適應癥是慢性乙肝病人，轉氨酶升高達正常值上限的2～10倍，肝臟炎癥反應明顯者。這時病人正處於“免疫清除期”，即體內的免疫功能啟動，對乙肝病毒發起圍剿和清除，此時應用抗病毒藥助壹臂之力，效果顯著。在“免疫耐受期”，轉氨酶正常或少許超過正常值，肝臟炎癥輕或無，例如乙肝病毒攜帶者，體內免疫功能對乙肝病毒“熟視無睹”，這時應用任何抗病毒藥也是枉然，對此，幹擾素、拉米夫定的效果極為有限。
如果適應癥選擇準確，療效會明顯提高，選擇不當，濫“幹擾”、“濫抗毒”，不但不能收到滿意療效，還會挫傷病人的治療信心，或對抗病毒治療產生抵觸情緒，並制造“抗病毒無效論”，影響乙肝病人正常用藥。
抗乙肝病毒藥物有局限性
慢性乙肝並非用上幹擾素或拉米夫定就萬事大吉了，更不是用藥後壹定會康復。其實，抗乙肝病毒藥都有其局限性，目前所有抗病毒藥都對乙肝病毒復制的原始模板（cccDNA）無效，壹旦停藥，乙肝病毒就很快以cccDNA為模板繼續復制，結果大量新生乙肝病毒又猖獗起來，造成肝病復發。醫學家們指出，如堅持長期用藥，最大限度地壓制體內病毒的復制，再加上自身的免疫功能參與，方可最終將病毒清除，患者才有可能康復。
慢性乙肝病人的用藥，必需消除速戰速決、壹蹴而就的觀念，要有長期用藥的準備。“速效論”是假話，不能相信。
抗乙肝病毒藥的另壹個局限性為病人對其“應答率”不是100％（應答指病人用藥後HBeAg轉陰，抗－HBe轉陽，HBVDNA轉陰，轉氨酶正常），幹擾素治療慢性乙肝的“應答率”在40％左右，而遠期應答率僅為30％左右。拉米夫定治療慢性乙肝時，用藥1年，HBeAg轉陰率不到20％，發生抗－HBe轉陽者僅15％左右，盡管HBVDNA轉陰率高達96％～100％，但HBeAg不轉陰或抗－HBe不轉陽，就易於復發。因此，我們既要看到抗病毒藥的有效性，也要了解其局限性，正確認識這些藥物，不能因其“局限性”而棄之不用，也不能因其“有效”而盲目樂觀。
藥物的毒副作用
“是藥三分毒”，抗乙肝病毒藥也有毒副作用，這又往往因人而異。應用幹擾素除可引起流感樣癥候群之外，還可引起白細胞、血小板減少，也有脫發、抑郁等情況發生，有時因為毒副作用使治療受挫。拉米夫定有時可引起胃腸道反應。
乙肝病毒變異
慢性乙肝是個復雜多變的疾病，在抗病毒藥物作用下和人體免疫壓力下，病毒常常發生變異，這可導致治療失敗。治療過程中、患者病情也經常波動，出現反復，這不壹定歸咎於抗病毒藥物的應用。另外，慢性乙肝病人的免疫功能失調，在治療中可發生“混合感染”，如乙肝＋丙肝，乙肝＋丁肝，乙肝＋甲肝等，或乙肝合並脂肪肝，有時又因濫用藥、飲酒等，使病情復雜，治療更困難，這都不是抗病毒藥的過錯。分析和找到失敗原因再采取措施，仍然會取得療效。
在應用抗乙肝病毒藥過程中，要細致觀察，多方分析，抗乙肝病毒藥不是“萬能靈藥”，其他藥物如抗肝纖維化、調節免疫功能方面的輔助用藥也是非常必要的。治療乙肝失敗，不能否定抗病毒藥物，大家也不可苛求抗病毒藥。乙肝治療學發展至今，最大的進步是確立了抗病毒為主的綜合治療戰略，如果不去抗病毒，就要走回頭路，千百萬乙肝病人將無所適從。當然，對抗病毒藥的不足，科學家早已察覺，現在正深入研究和開發更有效的抗病毒藥，應當說前景是樂觀的。