3月6日，公司召開第壹屆董事會第十壹次會議。會議審議通過了公司《2005年工作總結和2006年工作要點》、《2005年財務決算和2006年財務預算草案》等報告。聘任秦亞明先生為公司新任總經理。同時，會議要求公司站在新的起點、背景和環境的高度，明確今後三年的工作思路，以企業上市為目標，以公司工作大局為重，凝聚全體股東的利益，振奮全體員工的人心，以做精做專做優做大做強的春天。
二、同春公司召開年度股東大會。
4月7日，公司召開年度股東大會。會議審議通過了《董事會2003-2005年工作總結及今後三年發展目標》、《2005年利潤分配方案》及公司改選等議案。會議要求公司重點抓好快速配藥、農村 "兩網 "建設、藥房托管、零售連鎖整合等工作，穩中求進，穩中求變。
三、同春召開2006年度臨時股東大會。
5月12日，公司召開2006年度第壹次臨時股東大會。會議選舉產生了公司第二屆董事會和監事會，審議通過了《公司2006-2010年發展戰略規劃》和《公司上市籌備工作方案（草案）》的報告。會議要求同春藥業緊緊圍繞南京醫藥 "壹體兩翼 "的發展戰略，突出公司向醫藥物流壹體化轉型創新的決心，突出當前銷售快配、醫院藥房托管、農村 "兩網 "建設等工作重點。
四、同春公司召開第二屆董事會。
5月12-13日，公司召開第二屆董事會第壹次會議。會議選舉薩支鈾業為第二屆董事會成員，聘任方希為董事會秘書，聘任李誌明為公司財務總監。會議審議了《公司機構設置方案（草案）》的報告，明確了公司機構設置的原則和框架。同時，公司還召開了第二屆監事會第壹次會議，選舉產生了第二屆監事會主席。
5.同春公司實施2006年薪酬試行方案。
6月，公司下發《2006年薪酬試行方案》並開始實施。其指導思想是：在確保完成今年經營業績的前提下，結合公司目前的經營模式，重點向金山院內各業務部門的薪酬管理傾斜，將銷售業務人員的薪酬收入與部門的銷售、回款、毛利、預算費用和管理目標掛鉤，充分體現崗位貢獻決定員工收入的原則。同時，上半年股份公司還首次核定了子公司年度工資總額分配方案，核定了子公司具體薪酬標準和分配辦法。
六、同泉公司啟動現銷快配創新業務。
七、公司成立創新業務項目工作機構，下設領導小組、現銷快配項目指揮部和六個專項工作組，大力推進現銷快配、藥房托管、零售壹體化等創新業務有序開展。根據實際情況，公司創新業務以開展現銷快配工作為突破口，成立了 "現銷快配部"。在學習培訓、成立機構、充實人員、創新業務流程上下功夫，著手開拓八縣經營市場，拓展終端客戶1700多家，年銷售額達4754萬元。
7、福州同春康捷儲運有限公司。
7月14日，公司召開金山物流中心托管大會。會上，福建同春藥業與南京和銳咨詢公司簽訂托管協議。9月27日，公司全資子公司--福州同春康捷儲運有限公司正式成立。 第三方物流業務也於9月份順利啟動，並完成了第壹個月的預定目標。11月13日，物流管理部TMS運輸管理系統正式投入使用。該系統具有提高調度效率、優化配送路線、提高資源利用率、加強運輸成本管理、支持第三方業務發展等功能，它的投入使用將有助於物流中心提升運輸管理水平。經過半年的運行，物流中心在提升管理能力、配送服務水平和綜合盈利能力等方面取得了壹定的成績。
八、福州回春醫藥連鎖店榮獲 "中華老字號 "榮譽稱號。
9月，經商務部的嚴格評選和認定，回春醫藥連鎖旗下的回春總店被授予 "中華老字號 "榮譽稱號，並繼續躋身全國434家 "中華老字號 "企業行列。同時，回春連鎖積極探索托管醫院藥房之路，經過反復協商，回春連鎖成功托管武警福州支隊醫院藥房，這是我們在托管醫院藥房道路上邁出的第壹步，為醫院藥房托管業務的開展提供了寶貴的經驗和可借鑒的模式。
九、藥品招標取得良好效果。
12月，公司參加了全省第五、第六次藥品招標工作，並將其作為壹項重點工作，進行周密部署安排。經營管理部、采購中心、各子公司精心組織，密切配合。通過加強市場信息的收集與調研、品種的篩選與評價、與生產廠家和供應商的溝通與協作，初步入圍招標規格2104個，待通知報價的議價規格有2000多個。
十、福建同春股份公司在福建省醫藥行業排名第壹。
2006年，在福建省企業與企業家聯合會、福建省工業經濟聯合會、福建日報報業集團、福建省廣播影視集團等單位聯合舉辦的福建企業百強榜評選中，福建同春繼續名列福建企業百強榜。福建同春排名第66位，在福建醫藥企業中排名第1位。