定點醫院醫生核實核對人後，進行合理檢查診斷，門診掛號，開具處方並註明合作醫療證號(壹式兩份，壹份取藥，壹份報銷)，到藥房劃價(註明藥價)，患者現金支付並開具發票取藥治療；然後患者將報銷處方和醫療發票提交到鄉農醫辦進行報銷。
擴展信息農村合作醫療卡辦理流程
1，個人申請
農村居民攜帶戶口簿和第二代居民身份證原件及復印件到戶籍所在地村(居)委會辦理農村醫療保險，選擇繳費檔次，填寫《新型農村社會醫療保險登記表》(以下簡稱《登記表》)壹式兩份。
2、村助理檢查
村助理員負責核對《參保人員登記表》、《農村戶籍老年人家庭社會關系表》是否齊全，填寫的姓名、二代身份證號碼等信息是否準確，是否有個人簽名或蓋章，參保人員提供的相關材料是否齊全。核對無誤後，在參保人員登記表上簽字，加蓋村委會公章，附上參保人員二代身份證、戶口簿復印件等材料，然後上報鄉鎮勞動保障所。
3、鄉鎮審判
鄉鎮勞動保障所對村裏上報的參保登記相關材料進行初審。審核無誤後，經辦人員在參保登記表上簽字，加蓋鄉鎮保障辦公章，及時將參保人基本信息錄入新農保信息系統，並將參保登記表、二代居民身份證、戶口簿復印件報縣農保中心。
4、縣農保中心審查
縣農保中心收到鄉鎮上報的參保人員登記相關材料後及時進行審核，確認鄉鎮勞動保障所錄入的參保人員基本信息，為參保人員建立個人賬戶；在投保登記表上簽字蓋章，並將相關材料歸檔備案。
百度百科-新型農村合作醫療