藥房是藥劑科的壹個分支，有西藥房、中藥房等。藥房是醫院藥學的重要組成部分，是直接面對患者的服務平臺，藥房管理的好壞直接影響藥品的療效。
藥房主要銷售西藥、中成藥、中藥材等藥品，方便群眾購藥，以造福百姓健康。藥房還負責藥品的計劃和預算、藥品的驗收和入庫、藥品的發放和保管、統計和報銷等工作。對於藥房的工作人員，國家和醫藥衛生部門都有明確的規定，並制定了相關的規章制度和從業要求。
藥店分類：
1、壹類藥店可經營乙類非處方藥；2、二類藥店可經營非處方藥、處方藥（不含禁用、限用藥品）、中藥飲片；3、三類藥店可經營非處方藥、處方藥（不含禁用藥品）、中藥飲片。
藥學部：
藥學部是集藥學服務、科研、教學、管理為壹體的綜合性部門。藥學部下設藥劑科、西藥房、中藥房、中心藥站和臨床藥學五個科室。負責藥品的采購供應、質量控制、處方調劑、臨床合理用藥和信息咨詢等工作。
藥劑科根據醫院醫療、科研、教學的需要和基本用藥目錄，編制用藥計劃，查詢藥品科技和藥品市場信息，為臨床提供安全有效、質優價廉的藥品。根據醫院醫生的處方，及時準確地調配中西藥。並有計劃地生產普通制劑、消毒制劑和中藥制劑。
開展藥品檢驗工作，建立健全藥品監督和質量檢驗檢查制度，對購進藥品和自制制劑進行全面控制。開展臨床藥學臨床新藥、臨床試驗、藥物療效評價等臨床藥學工作。提出改進或淘汰藥品品種的意見，開展中西藥新制劑、新劑型的藥代動力學和生物利用度的科學研究工作。