抗病毒治療是慢性乙肝的根本治療方法，只有符合抗病毒治療的乙肝患者接受抗病毒藥物治療，才能使病情得到恢復。
治療原則
壹是HBv復制活躍，HBeAg陽性，HBv DNA陽性；
第二，肝組織有炎癥改變。
對於第壹條，乙肝攜帶者可以掌握，化驗單壹目了然。對於第二條，乙肝攜帶者自己很難掌握。沒有癥狀，轉氨酶不升高，只能通過肝穿刺證明。
1，幹擾素(普通幹擾素，長效幹擾素)
這類藥物的優點是療程固定，無病毒耐藥性，HBeAg、HBeAg、HBsAg血清轉換率和反應持久，具有調節免疫和抗病毒的雙重作用；缺點:需要皮下註射，價格較高，不良反應較多(流感樣綜合征，骨髓抑制，精神異常等。)，禁忌癥如妊娠、精神病、酒精中毒、失代償期肝硬化、甲狀腺疾病等。
幹擾素治療階段:病毒載量109以下，ALT水平高，HBeAg滴度低，女性，非母嬰傳播，病程短。
2.核苷(酸)類似物
這類藥物的優點是:有效、可行、安全，但也有壹些缺點，如療程不穩定、易產生病毒耐藥性、停藥後易復發等。拉米夫定、阿德福韋酯、替比夫定、恩替卡韋、替諾福韋酯、克拉夫定等。
拉米夫定的優勢:上市時間最長，療效確切，不良反應少，可進入醫保；缺點:持續應答率低，病毒耐藥率高(14%，38%，49%，66%)。
阿德福韋的優點(赫維裏、鄭明、戴丁等。):耐藥變異率低(0，3%，11%，18%，29%)，對拉米夫定耐藥患者仍有效；缺點:抗病毒作用弱，起效慢，有潛在的腎毒性。
恩替卡韋(博盧定)優勢:作用強，耐藥率低(5年累計耐藥率1.2%)；缺點:價格較貴。
替比夫定的優點:作用強，HBeAg轉換率高(22%)；缺點:突變率高，肌酸激酶升高等副作用，上市時間短，抗病毒效果，長期療效和安全性有待證實。
拉米夫定耐藥患者首選阿德福韋酯治療，不建議交替使用阿德福韋酯，改用大劑量恩替卡韋。阿德福韋酯耐藥的患者可以用替比夫定、拉米夫定或恩替卡韋治療。臨床研究表明，對核苷類似物耐藥的患者改用幹擾素可能是壹種有效的治療方法。
3.中藥
中藥的優勢在於作用機制全面，具有抗病毒、免疫調節、抗炎、抗肝纖維化等多重作用，但起效慢，抗病毒速度難以與西藥相比。
中藥主要適用於癥狀明顯的患者、乙肝病毒攜帶者、慢性輕度乙肝、用西藥抗病毒藥物治療的慢性乙肝患者、肝炎後肝硬化、肝癌患者。