昆中藥600余年的傳承史，180多年的開工史，就是祖國傳統中醫藥在近現代的發展史！
清道光六年，即1826年，昆中藥人采雲南之地道藥材，啟《滇南本草》之配方，秉承“毋減毋糙修精品，勤心勤力誌康寧”之理念， “前店鋪，後作坊”，以“體德堂”等為號， 精工修合出了壹些精品中藥。“鄭氏女金丹”、“再造丸”、“糊藥”等已是當時的“弛名產品”。
清鹹豐、同治、光緒年間，昆中藥各老號先後推出了清肺化痰丸、阮氏上清丸、感冒疏（蘇）風丸、舒肝散、天麻（祛風）丸、金花（消痤）丸等特色產品，這些產品因療效確切而廣為使用，傳承至今。
光緒丁亥仲冬，名醫管浚（jùn）重訂《滇南本草》，由昆明務本堂名工，刊刻成傳本，***載藥458種。 此後，昆中藥各老號均以此本為範，因此說，此《滇南本草》實為昆中藥最早的“藥典”。
1908年，由22味中藥配制的“翟玉六止咳丸”問世，並名噪全國。“止咳丸”由清代光緒年間雲南名醫翟玉六在家傳秘驗方基礎上創制而成，由昆中藥獨家生產。
1916年（中華民國4年），雲南省政府警察廳衛生所頒發“百寶丹”檢驗合格證書，允許公開出售。 “百寶丹”由名醫曲煥章所創制，後發展成為“百寶丹膠囊”、“雲南白藥”、“百寶丹擦劑”等名品。 曲煥章之子曲嘉瑞後來曾出任昆中藥廠長。
1922年，由昆中藥獨家生產的“桑菊銀翹散”在昆明問世，該產品由雲南名中醫姚印軒創制，素有“土盤尼西林”的美譽。
解放前，雖是舊時手工作坊，但昆中藥人，嚴守“遵法炮制生熟飲片，精工修合丸散膏丹”的訓言，選材優良，灰碎之雜質不敷；做工細膩，配方之斤兩弗疏。手工作坊制藥藥工十分艱辛，整天得與碾槽、土竈、鐵鍋、案板、切刀……打交道，制藥被喻為“騎木馬耍大刀，腳蹬風火輪”。其時有順口溜曰：“昆明中藥歷史長，最苦最累造藥郎。吃的都是灰灰飯，睡的皆為渣渣床。”
1956年，國家對工商業實行全行業公私合營。整個昆明中藥業的84家“前店鋪、後作坊”合並為“公私合營昆明市中藥材加工廠”。昆中藥從此走上整合發展、規範管理之路。 整合後的昆中藥實現大發展，成為“中央商業部”直管的“大型企業”，1957年即實現產值155萬元，員工229人。
1967年，公司改名為“昆明市中藥制藥廠”。 並購置了炒藥機、紅外線烤藥機等設備，改變了生產工具落後的狀況。實現了快速發展，當時年產值達到600萬元，員工近500人。雖然經受到了文化大革命的沖擊，但在六、七十年代時期，昆中藥基本實現了機械化、半機械化生產，處於國內同行領先地位。
1986年公司改名為“昆明中藥廠”，乘改革開放的東風，各項事業篷勃發展。止咳丸、舒肝顆粒、感冒消炎片、清肺化痰丸、參苓健脾胃顆粒、天麻祛風補片等產品暢銷全國，並出口創匯。
2000年11月公司正式更名為“昆明中藥廠有限公司”。這壹年昆中藥實現銷售1億元，上繳利稅1700萬元。 2003年，雲南省國有醫藥企業實現大整合，昆中藥加盟昆藥集團。昆中藥是昆藥集團旗下最核心的中成藥制造企業。