某市，兇殺案現場，死者龔敏婕是市刑警隊隊長譚華的愛人，佑海醫院的內科大夫。事件關系到警員家屬，案件引起了市政法委副書記張拓的高度重視，市局局長趙啟德也為此親臨案發現場。就這壹重大入室殺人事件，建立了專案小組。
案情疑雲重重，被害人龔敏婕身上有十七處刀傷，集中在胸腹部，其中左胸部壹刀，右肋下腹側壹刀，是致命的傷害，是什麽促使兇手要殘忍地殺害死者呢？
就在調查工作剛剛展開的同時，壹條發到龔敏婕手機上的短信引起了警方的註意，發短信的人是張本——和死者在同壹家醫院工作的大夫，也是市政法委副書記張拓的弟弟。從對張本的訊問中，張本承認和龔敏婕有著不為人知的曖昧關系，這是不是引起譚華仇殺的動機呢？而罪犯逃離現場所用的工具，又是愛好登山運動的譚華的登山繩索，甚至龔敏捷的妹妹龔潔突然舉報，她電腦裏發現了譚華和別的女人通奸的照片……
事發突然，譚華找不到足夠證明自己當時不在案發現場的證據，處境越來越不利。警方要求譚華交出自己的槍械，這壹切對於剛剛飽嘗喪妻之痛的譚華來說，無疑是雪上加霜。
此時城郊的海邊，真正的兇手白強和馬長水，正幸災樂禍地密謀著更大的陰謀…… 在譚華無法證明自己不在案發現場的種種不利條件下，市局決定對譚華實行48小時傳訊，譚華雖然對上頭的決定不能認同，但也不能不服從上頭的指示。
在整個提審的過程中，辦案人員的問題主要集中在譚華和龔敏婕以及張本的三角關系上，這讓譚華非常惱火。
在48小時傳訊的時間裏，譚華常常在休息室裏努力地分析案情，不停地琢磨很多事情的來龍去脈，他想到了不久前曾有人給過他壹封匿名的信，信裏提到了自己的愛人龔敏婕和醫院同事張本的關系。
就在譚華被傳訊的過程中，警方又在譚華家樓下的樹叢中發現了粘滿鮮血的譚華的警服，而血型鑒定正是死者龔敏婕的。而譚華說當天自己不在現場的原因是過去的線人王萍有情況要跟自己說，但從譚華褲兜裏發現的要求見面的字條上並不是王萍的字跡。
在市局的案情討論會上，付學友等人覺得譚華作案的可能性很大，而高朝偉、趙啟德卻持保留態度，不過誰都知道法律面前人人平等，如果兇手真的是譚華，誰也不能包庇。但照片的檢測結果已經出來，譚華通奸的照片是偽造。
48小時傳訊的時間到了，對譚華的提審也沒有什麽進展，警方暫時解除了對譚華的審訊，也提醒譚華不能在這段時間裏惹麻煩。負責跟蹤譚華的陸建忠被譚華巧妙地甩丟了，但譚華的所有舉動也被罪犯牢牢盯住。
這時譚華直奔了小魚美發廳，他找到王萍質問她為什麽要陷害自己，幕後指使是誰？但王萍表示自己並不知道什麽事情，只是有人給了自己1600塊錢，讓自己給譚華寫這麽壹個字條，而這字條上的字還是讓孫梅寫的。
馬長水得知了譚華去找王萍的消息，用暗語給王萍發去了短信。 譚華把王萍帶回了公安局，但王萍的態度卻發生了180度的大改變，說自己沒有寫什麽字條，更沒有叫孫梅寫。這時孫梅失蹤的消息傳來。
龔敏婕的父母和妹妹龔潔對譚華產生了巨大的反感，堅持認為敏婕的死是他造成的，譚華無法解釋，只好帶著極度復雜的心情離開。
隨著案情的發展，警方決定對譚華家（案發現場）進行復查，希望能再找到更多的線索，或是發現什麽目擊證人。此時王萍突然被李寶光、白強帶走了。
為了取證和調查，譚華借口自己的腎結石需要做手術，住進了佑海醫院，引起了張本和馬長水等人的緊張。公安局內部，付學友派人隨時監視著譚華。
有人報案在海邊的涵洞口發現壹具女屍，警方趕往現場，死者就是前不久失蹤的孫梅，裝屍體的編織袋裏有壹種粉末狀物質，是幹糟。
和譚華壹個病房的八床曾經接受過龔敏婕的治療，通過和八床、病歷管理員蘇誌成的接觸和談話，譚華越來越意識到，妻子的死和藥品有關。
醫院裏，譚華和馬長水擦肩而過，他敏感地意識到這人跟自己以前抓過的壹個犯人馬長山很像。
深夜，醫生辦公室裏，譚華偷偷打開了龔敏婕生前使用的電腦，發現了壹篇名為《調查》的文檔，文檔中記載了壹些病人的名字和病歷，這些人都是八床病號以前和譚華提到過的。就在這時張本出現在了譚華身後…… 第二天，等譚華在找到機會重新打開電腦時，那篇名為《調查》的文件被刪掉了。市政法委副書記張拓給趙啟德打電話，指出公安局對譚華過於偏袒，影響非常惡劣，這讓趙啟德倍感壓力。
警方突然審問張本的情人姜菲，姜菲承認張本追求龔敏婕是做給別人看的，這就證明張本當初說了假話。
譚華私下裏和敏婕的同事王成瑛探討當初文件的內容，排查病人的簡歷，疑點逐漸清晰。他的行為已經引起了馬長水壹夥人的緊張，他們派人悄悄在譚華服用的藥品中下了毒。
譚華喝服藥後突然病發，經過緊張的搶救後才穩定過來，他馬上意識到有人下毒，但也更令他堅持了必勝的信念。隨著事態的發展，譚華越來越覺得妻子龔敏婕的死是和藥品有關，他認識到藥有時候也是兇器，只不過殺人不見血。
醫院裏剛死了壹個病人，是個非常年輕漂亮的女孩子。譚華記得在電腦文檔的記錄裏她曾經接受過龔敏婕的治療，立刻前往她家向家長了解情況，病人曾經服用過的壹種柏樅膠囊引起了他的註意。
白強的壹個助手李寶光落網，經警方審訊後揭開了孫梅的死因。綜合各種疑點，這時白強、馬長水納入了警方抓捕的視線。 審問李寶光的過程中，警方突然反應過來，幹糟就是用來造假藥的原料，看來這絕不是壹起簡單的殺人案，幕後還有更大的陰謀。
譚華註意到出現在《調查》文件裏的病人都服用過壹種柏樅膠囊。為此他去了壹些病人的家中暗訪，結果是確實有病人服用這種藥後出現了反應，但少數的例子並不能說明問題。張本為譚華的不斷調查異常驚恐不安。
賽爾集團的老總鮑雨桐帶著兒子小健到海濱遊樂場玩，看到雙腿殘疾的兒子，鮑雨桐不由地想到當年和馬長水為了逃脫警察的追捕，不得不丟下兒子的情景，突然湧起壹陣內疚，希望盡力多補償兒子壹些。
譚華在醫院裏又找到了壹個服用過柏樅膠囊的患者，加上從市醫院孟大夫了解到的情況，為柏樅膠囊做過廣告的莫教授對該藥的真相極為了解，他決定立刻前去找莫教授。譚華剛出醫院，馬長水派出的兩名打手騎著摩托車突然飛馳而來，壹記悶棍打下，譚華躲閃不及昏死過去。
搶救過來後，龔潔對姐夫不再壹味地抱有偏見，前去醫院探望，但臨走前忠告他多關心關心女兒，得知女兒開始學會逃學時，譚華震驚了。
賽爾集團召開會議，為是否繼續維持馬長水的假藥生產線爭論不休。在鮑雨桐的心裏，她對馬長水還有壹份難以忘懷的牽掛，兩人畢竟有過壹段感情。 譚華的突然到訪讓莫教授有些措手不及，最初他非常抵觸，但經過譚華的反復詢問，莫教授開始對賽爾集團出產的柏樅膠囊的質量產生了懷疑，他打電話問了張本和賽爾集團總工程師葉繼周，但張本和葉繼周都對此矢口否認。
通過壹起偶然破獲的販毒案，從罪犯口中了解到，龔敏婕被害那天晚上他在交易現場見到了等人的譚華，這就基本上洗清了譚華作案的嫌疑。
而此時的賽爾集團正面臨新產品——抗衰延壽生命營養液上市，集團想要爭取市裏3個億的投資，鮑雨桐全力調和各方面關系，絕不希望在這個時候出現任何問題。
趙啟德向龔潔詳細解釋了譚華的遭遇，尤其是當初譚華和別的女人有染的照片是偽造的，龔潔心生悔意，決定利用自己在賽爾工作的方便盡力幫助譚華。就在這時莫教授給警局打了電話，願意接受高朝偉、石望磊的詢問。
他承認自己在沒有對柏樅膠囊進行檢驗和臨床實驗的情況下，就同意以自己的名義和肖像在報紙上做宣傳，並表示龔敏捷確實在以前就柏樅膠囊的事情找過自己，而那時自己非常矛盾，怕藥品真有問題，也不願意把事情搞大。 當莫教授離開警局後，警方決定馬上聯系是藥監局及相關部門，對賽爾藥業集團進行聯合突擊檢查。突擊檢查來的非常突然，莫教授已經和公安局談話並要求馬上停發廣告的消息也傳到了賽爾集團。
譚華回到家中，打開龔敏婕的電子郵箱看到了壹些回復信件，這些信件表明：不僅在佑海醫院發現的4例嚴重病情和服用柏樅膠囊有關，而且她的兩個同學證明了在外地也有兩例重病人可能服用柏樅膠囊。這壹切讓譚華發現妻子生前壹直在為此四處調查，不禁確定妻子的死和藥品有著重大的關系。
譚華很久沒有關心女兒了。清晨，他開車送女兒上學，面對孩子流著淚不斷追問媽媽的消息，他心碎了。
賽爾集團面對公安局的調查，辯解說有可能是別人造假，賽爾也是受害者，高朝偉看到假藥的樣品後立刻前往藥店，但藥店的柏樅膠囊突然全部賣光了。
常市長光臨賽爾集團指導工作，鮑雨桐非常高興，詳細介紹賽爾的遠景經營規劃，為新產品抗衰延壽生命口服液的上市積極籌措銀行的3億貸款，但私下裏，她非常清楚造假柏樅膠囊可能帶來的危害性。
就在這時，張本失蹤了。 藥檢局的結果壹切正常。賽爾集團非常配合工作，派出保衛處打假辦的副主任賈蘭陪同警方壹起到市場上去調查。在調查過程中，確實發現了柏樅膠囊的假冒品，經過藥檢局的檢驗，確實存在問題，擅自添加了壹些其它成分。藥檢局馬局長當機立斷要求各地查找和取締這種假冒藥品。同時表示假藥的制作水準非常之高，不是壹般小廠能夠生產出來的，所以不能排除賽爾集團的嫌疑。
有人舉報發現了壹具屍體，死者正是王萍，高朝偉等人詢問李寶光後分析認為這仍是白強所為，目的是殺人滅口。警方開始撒網通緝白強。
婁士恒主動向警局舉報了壹家制造假藥的窩點，但第壹次行動卻撲了空，譚華開始覺得婁士恒是在和警察玩遊戲。
賽爾集團財務處的工作人員郝妍家的親戚因為服用了柏樅膠囊昏迷了，她開始對公司出產的藥品有所懷疑。就在郝妍情緒極不穩定的時候，又收到了張本以她做假帳、收受賄賂為名的威脅電話，要求郝妍寄50萬到自己的戶頭上，並威脅事情敗露誰也不會有好下場。
葉繼周來到莫教授家，解釋說經過和警方的配合打擊，已經挖出了造假者，賽爾的罪名已經洗清，希望繼續得到莫教授的支持，並送上兩萬元的酬勞。 郝妍心情復雜地告訴鮑雨桐自己親戚因為服用柏樅膠囊而出事的事情，鮑雨桐表面上很冷靜地安慰了郝妍，暗地裏要婁士恒等人嚴格把握好假藥這個環節。
婁士恒和馬長水碰頭，對事態的發展有些擔心，馬長水執意要見鮑雨桐，婁士恒找理由把馬長水搪塞了過去。
譚華通過壹個兜售假藥的人，設計輕松地捕獲了另壹個藥販子。在對藥販子的審問中，藥販子卻拒不交代任何問題。當天晚上，藥販子就被人下藥毒死，譚華已經意識到內部出了叛徒。
譚華根據各方線索，覺得假藥工廠就在本地。與此同時，電視上播出了通緝白強、馬長水的命令。
郝妍開始對集團產生懷疑，終於忍不住將賽爾內部的壹些事情告訴了丈夫田成錦，田成錦主張報警，但郝妍覺得報警自己也要被抓，不願意。就在這時張本又打來電話催促郝妍趕緊寄錢，郝妍覺得自己就坐在火山口上。
辦公會議上，譚華和付學友為賽爾可能造假的事發生了激烈爭執。 娟娟已經知道了媽媽遇害的真相。深夜，譚華強忍悲痛安慰娟娟要學會堅強，娟娟終於忍不住撲進譚華的懷裏哭起來。
郝妍給張本往臨江寄去了10萬元，譚華在醫院門口碰見了郝妍，譚華希望郝妍能夠配合自己的工作。這壹切都在婁士恒、黃敬等人的監控中，婁士恒打電話威脅了郝妍，並在郝妍家裝了竊聽器。
賽爾集團董事長鮑雨桐正在為籌措市裏3億的投資而努力，她向婁士恒表示不論付出什麽代價，都要保證賽爾能穩妥地得到市裏的巨額投資。但她得知馬長水繼續在外面生產假冒的柏樅膠囊，已經引起警方的註意後，她非常生氣，當面斥責了馬長水壹頓。
馬局長帶譚華去了壹戶人家，譚華看到假藥害的壹家人如此淒涼，而將孩子治死的村醫也因此失去了自己的外孫女。馬局長想要讓譚華明白，當年將假藥賣給這個村醫的就是馬長水和鮑雨桐。
鮑雨桐突然發現健兒的腿有了知覺，不禁欣喜若狂，兒子能離開輪椅站起來是她最大的心願。