1.如果胃腸鏡檢查是在門診做的，沒有住院，那麽只能報銷門急診保險；
2.如果胃腸鏡檢查是在住院做的，屬於合理且必要的醫療費用，那麽醫保壹般是可以報銷的。當然，如果發生的醫療費用超過了醫保報銷前的免賠額，具體報銷也要以保險合同約定為準。
：普通胃鏡或無痛胃鏡可與腸鏡檢查同時進行。普通胃鏡檢查患者要保持清醒的意識，進行胃鏡和腸鏡檢查比較痛苦，無痛胃鏡檢查多在麻醉狀態下進行，胃鏡和腸鏡檢查比較舒適。胃鏡和腸鏡同時進行可按常規腸道準備操作，按醫囑服用瀉藥，胃鏡檢查本身不需要進行腸道準備，只需禁食8小時以上，無特殊要求。對於胃鏡檢查發現的胃多發性息肉，要進壹步行腸鏡檢查排除腸息肉，因為息肉病因復雜，且自身有遺傳基因，胃腸息肉同時存在的可能性較大。
胃腸鏡檢查的優點如下。
1.痛苦小：患者在檢查和治療過程中只有惡心和輕微的疼痛，大多數人都能承受；如果不能耐受普通胃腸鏡檢查，也可以選擇無痛胃腸鏡檢查，患者 "睡壹覺 "檢查就做完了。
2.創傷小：通過電子胃腸鏡可以對消化道出血、息肉、潰瘍、狹窄等也可以進行多項微創治療，讓患者免除手術之苦。
3、時間短：除檢查前的準備時間外，從檢查開始，幾分鐘內即可完成。
4、診斷準確：鏡子具有放大功能，進壹步提高了診斷的準確性。對於壹些微小的病變，甚至是粘膜層的病變，可以取活體組織進行病理檢查，這是診斷許多疾病的金標準。
法律依據：
中華人民共和國***和國家社會保險法
第二十三條 職工應當參加職工基本醫療保險，由用人單位和職工按照國家規定***繳納基本醫療保險費。無雇工的個體工商戶、未參加用人單位職工基本醫療保險的非全日制從業人員和其他靈活就業人員，可以參加職工基本醫療保險，由個人按照國家規定繳納基本醫療保險費。
第二十九條 參保人員醫療費用中應由基本醫療保險基金支付的部分，由社會保險經辦機構與醫療機構、藥品經營單位直接結算。社會保險行政部門和衛生行政部門應當建立異地就醫醫療費用結算制度，方便參保人員享受基本醫療保險待遇。
第三十條 下列醫療費用不納入基本醫療保險基金支付範圍：
（壹）應當由工傷保險基金支付的；
（二）應當由第三人負擔的；
（三）應當由公共****health負擔的；
（四）在境外就醫的。
醫療費用依法應當由第三人負擔，第三人不支付或者無法確定第三人的，由基本醫療保險基金先行支付。支付後，基本醫療保險基金有權向第三人追償。
第三十壹條 社會保險經辦機構可以根據管理服務需要，與醫療機構、藥品經營單位簽訂服務協議，規範醫療服務行為。醫療機構應當為參保人員提供合理、必要的醫療服務。
第三十四條 國家根據不同行業工傷風險程度確定行業差別費率，並根據工傷保險基金使用情況和工傷發生率確定各行業內的費率檔次。行業差別費率和行業內費率檔次由國務院社會保險行政部門制定，報國務院批準後公布施行。
社會保險經辦機構根據用人單位使用工傷保險基金的情況、工傷發生率以及用人單位所屬行業的費率檔次，確定用人單位的繳費費率。