臨床信息系統(Clinical Information System，CIS)的主要目標是支持醫院醫務人員的臨床活動，收集和處理患者的臨床醫療信息，豐富和積累臨床醫學知識，提供臨床咨詢，輔助診療，輔助臨床決策，提高醫務人員的工作效率，為患者提供更多、更快、更好的服務。如醫囑處理系統、患者床邊系統、醫生工作站系統、實驗室系統、藥物咨詢系統等。屬於CIS的範疇。
毫無疑問，壹個完整的醫院信息系統(IHIS)應該包括醫院管理信息系統和臨床醫療信息系統。
醫院管理信息系統需要的資源較少，磁盤容量、工作站數量、網絡傳輸能力和顯示質量遠低於CIS的要求。
支撐醫院管理信息系統的計算機技術簡單明了。由於醫院管理信息系統主要處理文本和數字數據，較少涉及聲音、圖像和多媒體數據動態傳輸的復雜要求，因此實現起來要容易得多。
臨床信息系統在實時數據處理、響應速度、安全性和保密性方面壹般比管理信息系統有更嚴格的要求。
考慮到投入和產出，大多數醫院決策者認為，與CIS相比，HMIS能使醫院更直接、更明顯、更迅速地獲得系統回報。也就是說，用更少的投入，可以獲得更多的收益。
當然，HMIS和CIS並不是完全分離的，HMIS也經常涉及到壹些患者的臨床信息，尤其是HMIS收集的患者主索引和病歷首頁，往往是CIS以患者為中心的臨床醫療信息的基礎。CIS壹旦建立，往往會使HMIS的工作更加準確和高效。
4.2計算機信息處理的三個層次
壹個完整的醫院信息系統的信息處理可以分為三個不同的層次:數據收集的過程；數據集中處理、加工、分析的過程和決策咨詢、決策支持的過程。壹般來說，數據收集過程與基層部門的事務處理活動有關；數據集中處理和分析的過程與中層部門的任務有關；決策和支持過程與高層領導有關。
4.2.1支持在線交易處理。
信息流通常伴隨著多種窗口業務流程，可能是醫院人、財、物的行政管理業務，也可能是門診、急診、住院病人相關的醫療事務。比如人事部門要辦理醫院職工工資的調整變動；總務科負責全院各部門物資、辦公用品、低值易耗品的供應、采購和發放；病房的醫生要經常給住院病人開醫囑；護士要不斷整理醫囑或各種處方、領藥單、註射單、治療單、化驗檢查單，並落實和記錄執行過程；門診藥房藥師要為處方劃價，為患者配藥，發放藥品；門診收費處應完成計價收費業務，在各類處方、化驗、檢查單上加蓋付費標記，並支付患者賬單(報銷單)。在所有這些復雜而瑣碎的商業活動過程中，產生了大量的信息。我們開發的HIS應該支持這些日常的、海量的前臺交易。交易級計算機系統(如門診收費系統、病房醫囑處理系統等。)應該同時承擔雙重任務。
對於窗口業務人員來說，這些系統就是幫助他們完成日常繁重窗口業務的工具。在計算機系統的幫助下，他們雜亂的工作變得有條不紊，他們從記憶大量信息(藥品的規格和價格，疾病的名稱和代碼等)的困難中解脫出來。).確保他們遵守某些規範，減輕他們匯總、統計、報告和傳遞這些信息的負擔。所以這類軟件要盡可能符合這些事務級工作人員的工作順序和習慣，功能齊全，操作簡單，反應迅速，界面友好，易學易用。用戶應該會覺得系統是專門幫自己完成窗口業務的。系統所具備的任何其他功能(指支持窗口業務處理以外的功能)應盡可能做到後臺化、隱藏化，不被最終用戶感知，不增加或盡可能少增加窗口業務處理人員的負擔。
對於整個醫院信息系統來說，計算機系統的窗口事務處理也是壹個完整的HIS數據采集端口。他們是HIS延伸到信息發源地的觸角和受體。比如辦理ADT業務的系統，必然會為住院部提供實時信息，也是住院病人動態統計的主要信息來源。門診收費系統不僅完成患者付費的過程，還采集為門診提供醫療服務的各個門診科室和輔助科室相應的門診收入和工作量信息。所有這些數據都是信息系統從上層到最高層進行統計、分析等數據處理所使用的原始資料。從數據采集的角度，HIS要求窗口業務系統采集的信息完整、準確、及時、安全。
4.2.2支持部門級信息的匯總和分析。
醫院中層部門肩負著繁重的管理任務，如醫務處負責全院醫療工作的計劃、組織和實施，醫療動態的監督和控制，醫療質量的檢查和管理；人事部門負責醫院的機構設置和調整，考勤考核，各級各類專業技術職務的評審；護理部負責醫院護理工作的組織與實施，醫院護理質量的管理，護理人員的管理等。隨著管理工作的日益科學化，中層部門將越來越依賴於他們從基層收集的基礎數據進行匯總、統計和分析，以評估他們所管理的基層部門和個人的工作，制定計劃，監督執行，制作報告和做出決策。
計算機化的信息系統應支持中間部門的數據收集、綜合、匯總、分析、報告和存儲。部門級信息系統應能定期自動收集基層部門的數據，根據需要對數據進行處理，並生成分類統計報表和能夠支持中層部門管理的報告。例如，統計室應能收集住院部患者的ADT數據、收費處患者的收費數據、病案室住院患者診斷和手術的臨床數據，並定期生成住院患者動態報告、床位使用報告和單病種分析報告。醫務科要從住院部、統計室、病房、手術室等不同科室收集相關信息，制作各種醫療動態和醫療質量控制的報告。
部門級信息系統的特點是:
通常與窗口事務工作無關。
很少有實時數據輸入任務。
定期處理收集的信息。
加工的算法通常是固定的。
目的是滿足本科室業務管理的需要或定期報送報表的需要。
4.2.3支持醫院最高管理者對管理信息的需求。
醫院的最高領導層必須得到計算機信息系統的全面支持，才能實現全院的科學管理。中層部門處理分析的數據不僅要產生報表和報告提交給高層領導直接輔助醫院高層領導決策，還要將處理後的數據通過計算機信息系統直接傳輸給高層領導。HIS的頂層模塊:醫療財務信息綜合查詢與決策模塊接收並重組這些數據，沿著兩條主線——醫療和財務，將醫院所有職能部門的信息，包括臨床、行政、醫療和財務等方面的信息結合起來，提供壹些非常方便靈活的檢索和查詢手段，滿足醫院高層領導對信息不斷變化的需求。這壹層信息系統的特點是:
與任何具體事務無關，即除了接收下級數據，進行各種查詢和統計請求外，沒有任何數據錄入。
其主要功能是提供靈活的檢索、查詢、統計和分析能力。
系統產生的報表和報告隨需求而變化，內容不規則、不固定。
該系統通常與壹些與醫院管理相關的專門模型和算法相關聯，例如財務管理、經濟核算、質量控制和動態分析。比如醫療質量的監督與評價，醫院財務執行的監督與評價，各科室醫療工作量負擔的監督與評價等等。
系統強調生成報表的形式，如圖形、圖表等。，要靈活，通俗易懂。
5.醫院信息系統的特點
從廣義上講，醫院管理信息系統是管理系統在醫院環境中的具體應用。因此，它必須與其他MIS系統具有以下特征:
它們都是以數據庫為核心，以網絡為技術支撐環境的計算機化系統。
它們是以業務為主線，以提高工作質量和效率，輔助決策為主要目的的信息系統，可以提高綜合管理水平，反映企業整體情況，增強企業競爭力，獲得更多更好的社會效益和經濟效益。
在系統內部按照壹定的原則劃分幾個子系統(或者在其上增加壹層子系統)，每個子系統和子系統之間都有接口，可以有效地交換信息，真正實現信息資源的共享。
它既處理結構化數據，也處理半結構化或非結構化數據。有些數據和結構受到人為幹預和社會因素的影響，即靜態和動態。
開發難度大，技術復雜，周期長。
具有完善的管理、監督和運行保障體系，以及相應的規章制度和系統安全措施。
醫院信息系統是目前世界上最復雜的企業信息系統。這是由醫院本身的目標、任務和性質決定的。它和其他所有的MIS系統壹樣，不僅要對人流、資金流、物流產生的管理信息進行跟蹤和管理，以提高整個醫院的運行效率，還要支持以患者醫療信息記錄為中心的整個醫療、教學、科研活動。