1953年，太和縣醫藥公司成立（安徽華源醫藥股份有限公司是由該企業多次改制、改名演變而來）
1991年，王軍任太和縣醫藥公司經理，制定“壹年扭虧、二年盈利、三年振雄風”的經營戰略
1995年，太和縣醫藥總公司成立，下轄5個分公司：太和縣西藥公司、太和縣藥材公司、太和縣新特藥公司、太和縣藥品經營公司、太和縣醫藥工業公司
1996年，太和縣醫藥總公司兼並太和縣仁濟制藥廠
1997年，太和縣醫藥總公司兼並太和縣木材公司和精細化工廠
1999年，太和縣醫藥總公司改制成立安徽省太和醫藥股份有限公司，下屬太和縣西藥有限責任公司、太和縣藥材有限責任公司、太和縣新特藥有限責任公司、太和縣藥品經營有限責任公司、太和縣醫藥工業銷售有限責任公司
2000年，創建太和縣仁濟彩印廠，兼並太和縣五谷神飲料廠
2002年，安徽省太和醫藥股份有限公司及其下屬5個分公司資產重組，建立壹個單位---安徽仁濟醫藥股份有限公司，下轄5個分銷公司：安徽仁濟醫藥西藥分公司、安徽仁濟醫藥藥材分公司、安徽仁濟醫藥新特藥分公司、安徽仁濟醫藥藥品經營分公司、安徽仁濟醫藥工業銷售分公
2003年4月8日，安徽仁濟醫藥股份有限公司與中國華源集團合作，成立安徽華源醫藥股份有限公司
2003年8月，安徽華源醫藥股份有限公司被中國企業信用協會評為《全國誠信示範單位》
2003年9月10日，安徽華源醫藥電子商務公司成立
2003年11月26日， 安徽華源醫藥股份有限公司通過GSP認證
2003年12月13日，安徽華源醫藥股份有限公司、海南中和集團有限公司、北京密雲縣工業開發區總公司、北京中信醫藥實業有限公司合作組建“北京華源中和醫藥物流配送有限公司”協議書簽字
2003年度，企業黨委書記王軍、董事長倪小偉、總經理康中原均被中國企業聯合會評為“優秀企業家”2004年1月8日，安徽華源醫藥股份有限公司與阜陽民航合作簽約
2004年1月，安徽華源醫藥股份有限公司被中國質量萬裏行促進會聘為“理事單位”
2004年2月29日，安徽華源擔保有限責任公司成立
2004年6月，上海華源寧夏沙賽制藥有限公司成立
2006年5月21日，安徽華源醫藥新藥銷售大廳開業
2006年6月21日，北京華源仁濟醫藥有限公司成立