官能團是決定有機化合物化學性質的原子或原子團。常見的官能團有羥基、羧基、醚鍵、醛基、羰基等。有機化學反應主要發生在官能團上，官能團對有機化合物的性質起著決定性的作用。—X(X是鹵原子，對於鹵代烴，鹵原子可以認為是它們的官能團。
但有些教科書認為碳鹵鍵是其官能團)，-OH，-CHO，-COOH，-NO2，-SO3H，-NH2，RCO-，這些官能團決定了有機化合物中鹵代烴、醇或酚、醛、羧酸、硝基化合物或腈、磺酸、胺和酰胺的化學性質。
結果異構
有機化合物的分類是基於組成、碳鏈、官能團和同系物。有機化合物的異構有三種:碳鏈異構、官能團位置異構和官能團種類異構。對於類似的有機化合物，由於官能團位置不同而產生的異構現象就是官能團的位置異構。如氯乙烯的以下八種異構體，反映了碳碳雙鍵和氯原子位置不同而導致的異構現象。
對於相同的原子組成，形成不同的官能團，從而形成不同的有機類，這就是官能團的異構。比如碳原子數相同的醛和酮，碳原子數相同的羧酸和酯，都是由不同的官能團形成的。
化學性質
官能團對有機化合物的性質起著決定性的作用，如-X、-OH、-CHO、-COOH、-NO2、-SO3H、-NH2和RCO-，它們決定了有機化合物中鹵代烴、醇或酚、醛、羧酸、硝基化合物或腈、磺酸、胺和酰胺的化學性質。
所以，學習有機物的性質，其實就是學習官能團的性質。有任何官能團的有機物都應該有這個官能團的化學性質，而沒有這個官能團的有機物就不會有這個官能團的化學性質，這是學習有機化學要認識的壹個特殊點。
例如，醛類可以發生銀鏡反應或被新制成的氫氧化銅懸浮液氧化，這可以認為是醛類的特征反應；然而，這並不是醛所獨有的，而是醛基所獨有的。因此，所有含醛基的物質，如葡萄糖、甲酸和甲酸酯，都可以發生銀鏡反應或被新制成的氫氧化銅懸浮液氧化。