深層發酵技術是成熟的工業技術。我國食(藥)用菌的深層發酵技術的研究始於20世紀60年代,此後有食(藥)用菌深層發酵技術的應用研究的報道。例如:提取諸如多糖、有機酸、氨基酸、酶等代謝產物;生產食(藥)用菌菌絲體作食品、食用添加劑或飼料,開發新的食品來源;開發食(藥)用菌飲料、保健食品或藥品等。
早在20世紀70年代就有利用深層發酵技術培養液體菌種用於食用菌栽培的研究,並有大面積應用的歷史。近年又有大量的應用研究報道。與固體菌種生產相比,深層發酵生產液體菌種主要優點是勞動力和廠房的需要少,產品均勻,易於控制且生產效率高,同時,液體菌種具有生產周期短、菌絲發育點多、接種後菌絲蔓延迅速、菌齡整齊等優點,在壹定條件下用於菇床、菌種瓶及栽培袋的接種可以明顯縮短生產周期。例如用液體菌種生產麥粒種,溫度適宜時,3~5天後便布滿全瓶,比固體菌種接種要快幾倍。用液體菌種拌料栽培平菇、鳳尾菇、金針菇及蛹蟲草等,拌種後,在適宜條件下培養,10~20天即可出菇。
目前,液體菌種在生產和應用上也有壹些限制因素和尚待解決的問題。首先,液體菌種的生產不僅需要較昂貴的設備,能耗較大,環境條件、操作技術要求更高,如環境條件差,操作不當就會發生嚴重的汙染。其次,液體菌種對原料的要求高,不能利用木屑、棉籽殼等農副產品。另外,液體菌種不易貯存,不利運輸。因此,液體菌種必須就地及時使用。此外,液體菌種培養過程中,有時會出現所謂“去雙核化”現象,使雙核菌絲體變成單核菌絲體,從而給進壹步擴大培養和栽培帶來壹定的風險。因此,大大限制了液體菌種在食用菌制種和栽培上的發展利用。在其不易貯運、不耐貯藏等問題沒有得到實質性解決之前,食用菌生產仍將以固體菌種為主。