公元552年，梁元帝贈給日本《針經》壹套，公元562年，吳人知聰攜《明堂圖》及醫藥書籍164卷到日本，開始了中日醫學的直接交流。至隋唐之際，中國由統壹走向興盛，成為亞洲科技、經濟、文化、醫藥等方面的中心，中日兩國交往月益頻繁，公元608年，日本推古天皇派遣藥師惠日、留學生倭漢直福因等來中國學醫，歷時15年，於628年學成回國，帶回大量隋唐醫書。公元754年唐高僧 鑒真 應邀，攜帶大批醫書東渡日本成功，對日本醫學的發展起到了推動和促進的作用。此後隋唐、宋代醫學及醫藥著作大量源源不斷地傳入日本，成為日本醫學的主流。此外，當時日本不僅在臨床上采用中醫藥理論與辨治方藥，而且醫學著作，醫事制度、醫學教育、醫藥管理等方面均與我國同出壹轍。如公元9世紀日豐城天皇出雲廣貞等受命編纂《大同類聚方》100卷，就是參考傳入日本的《黃帝內經》、《黃帝針經》、《脈經》、《甲乙經》、《小品方》等而成。公元10世紀，丹波康賴撰述《醫心方》30卷，除以《諸病源候論》為主外，還博采南朝、隋唐醫藥書籍百余種。公元701年，日文武天皇（42代）大寶元年，頒布的大寶令，其中的《醫疾令》就參考了唐醫事制度。該法令為日本最早的醫事制度。
因此，可以說從公元5世紀以後，日本通過廣泛頻繁的學術、人員交流不斷引進中醫藥學，然後，從學術、臨床以及行政管理等方面單純而忠實地加以模仿。這壹趨勢，壹直持續到15世紀，正是由於這種踏實地、虛心地、長時間的學習運用，為日本漢方醫學的獨立發展與形成體系奠定了堅實的基礎。
? 公元15世紀末，田代三喜（公元1465～1537年）入明拜僧月湖為師，專攻金元醫學，留學12年回國後，首倡李朱醫學。適逢當時日本社會盛行宋儒性理學，其弟子 曲直漱道三 大力推廣普及，並建立啟迪院，教授門徒800余。李朱醫學逐漸遍及日本各地，風靡壹時。
1571年，曲直瀨道三代表作《啟迪集》問世，該書引用中國醫書達63種之多，其內容以引李東垣《脾胃論》、《蘭室秘藏》，朱丹溪《格致余論》、《丹溪心法》為最多。但並不拘於金元醫家，而是博采眾長、首次提出以傳統醫學的理論，把握人體生理、病理、疾病表現，在此基礎上察證辨治，形成較為完整的理論體系，建立了日本漢方醫學獨立發展的基礎。
曲直獺道三以後，追隨者甚眾，其弟子大多成為當時名醫。江戶前期以及其後約100年間道三學派，即金元醫學占主導地位，從而形成日本漢方醫學第壹支學派，即所謂“後世方派”，真正開始了中國醫學日本化階段。
? 日本江戶時代（公元1603～1876年），由於社會潮流的改變和自然科學的進步，宋儒性理學影響漸衰，以伊藤仁齋為首掀起壹場儒學復古運動，哲學上的實證主義取代了陰陽五行思辨合理主義。與宋儒學有著千絲萬縷聯系的金元醫學、與當時發展的盲然科學出現了明顯的不協調，加之統治了漢方醫界百余年後的後世方派，不僅拘泥於金元醫學的空頭理論，而且在醫療上也出現濫用溫補的弊端。這樣不可避免地在醫學界也掀起了復古浪潮。
? 其代表人：香川修庵、 古益東洞 （公元1702-1773年）等，他們認為，古代醫學是從純粹觀察和實際的經驗中總結出來的，沒有摻雜陰陽五行思辨理論，是臨床最有價值的。他們把貫穿著陰陽五行論的內經醫學視為陰陽醫學，把沾染了道教求仙的神農本草醫學視為神仙醫學，認為他們不能與張仲景的醫學相提並論，故獨崇《傷寒論》並加以發揚。
? 正是在這種尚古和經驗實證思路指導下，以《傷寒論》為基礎，建立了 古方派 的學術體系。尤其是古方派的主要代表人物吉益東洞所撰《類聚方》、《藥征》等著作，即是選擇性地吸收了《傷寒雜病論》的精髓部分，結合自身經驗類編而成，使古方派發展達到頂點；此外，由於“腹診”在《傷寒論》中多見，故東洞亦大為倡導之並將其具體化。東洞之說，不僅與當時社會和醫學背景相呼應，而且迎合了日本註重簡樸務實的民族心理性格，故合者甚眾，很快壓倒眾說，成了漢方醫學之主流，至今不衰。
? 江戶中期， 古方派與後世方派互相對立，學術爭鳴非常活躍，使漢方醫學得到迅速發展，並形成了自己的學術特點及明顯的學派傾向；理論上以《傷寒論》為基本框架，並高度簡單化；臨床上註重方證與“方證對應”；診斷上強調腹診的重要性；方藥上以方劑為單位 。 終於實現了中國醫學日本化的過程，從而誕生了名符其實的日本傳統醫學 —— 漢方醫學或稱東洋醫學 。
幾乎與此同時，西方醫學也傳入了日本，但真正受到註意井發生影響是在17世紀，隨荷蘭人進入日本之後。公元1754年京師醫官山脅東洋根據西醫人體解剖，訂正古醫籍的錯誤，撰《臟誌》壹書，為日本近代解剖學之嚆矢，引起壹些漢方醫學者的註意和研究舉趣。
繼而，有關西醫解剖、生理、臨床各科、藥學方面的書籍不斷問世，使僅方醫學家們較廣泛地接觸西醫理論，發現其可取之處，逐漸接納了西醫，並試圖將漢方醫學與西醫相融合，建立新型的醫學體系，從而形成了歷史上的“ 漢蘭醫學折衷派 ”。
折衷派吸收了後世方派和古方派的優點，揚棄其不足並吸取壹些西洋醫學觀點而立論，主張無論是哪壹派，只要在臨床有效就應選用。開發中藥麻醉劑，在世界上最先成功地作了乳癌摘除術的華崗青洲、永富獨嘯庵，以及明治前期主宰漢方界，被稱為幕末明治的漢方巨頭淺田宗伯等都可以說是折衷派的代表人物。
但到德川幕府的末朝，傳統醫學的主體與折衷派分開，而出現了考證學派，並取得了支配地位。他們將中醫經典著作的研究推向了新的高潮，其代表人物如 山田正珍 以及 丹波氏家族 。此後，至19世紀中葉，日本漢方醫學界古方派與折衷派影響較大，前者強調“經驗實證主義”，重臨床經驗而輕視理論；折衷派中則以考證學派居主流，側重於古文獻的考證、訓詁、箋註，理論上全尊古，無所創見，造成漢方醫學學與術的分離，使醫術的傳授受到很大的影響。
至明治以前的幕府末期，名醫已很少，加之醫學傳授方面的保守和神秘主義，引起當時民眾的反感和不滿。此外，漢方醫學與當時急需發展戰傷外科、預防醫學、集體治療醫學和防疫醫學等“群體防治醫學”的需要相矛盾，使漢方醫學在與西醫的競爭中處於不利地位。
? 公元1868年，進入明治時期的日本政府；打破德川幕府推行了200余年的閉關自守政策，實行富國強兵政策，同時在傾向於西洋文化的社會大潮的背景下，醫學也轉向於西洋醫學。漢方學館被封閉，領導權由西醫執掌，片面強調西醫的優點，根本忽視兩種醫學的不同，大力提倡西醫，采用西醫藥分業制度。通過西歐醫學教育，大量培養西醫師，此時的漢方醫學陷入低谷。明治8年以後，漢方醫學甚至處在法律上難以生存的狀態。至此，漢方醫學進入了歷史上最艱難的階段。
自明治8年起，當時以漢方醫學的復興為目標的醫藥工作者集結起來，紛紛為漢方的存續而進行活動。在20年中漢醫先後展開了三次鬥爭。明治8年至16年的8年間開展了理論鬥爭，針對政府考試洋醫七科的醫制改革方案，以淺田宗伯為首的六賢人集會研究，提出了漢醫考試6科（開物燮理、臟腑經絡、究理盡性、眾病原機、藥性體用、脈病診治）的修正方案，進行了結社、出版、辦校、請願等壹系列運動。
抗爭的大本營為東京的溫知社，主持人先後有山田廣業、 淺田宗伯 及淺井國幹等漢醫代表人物。到明治15年，溫知社召開了第三次全國大會，溫知、贊育（京都人春雨（熊本）實行西洋七科考試制度，《醫制》滲透會取消漢方醫藥的措施。
此後，漢醫雖自明治17~20年開展治療鬥爭以及自明治23~28年進行議會鬥爭，繼續背水壹戰，但終因政府與洋醫的壓制逐步升級，漢醫內部又面臨森立之、清川玄道、淺田宗伯等核心人物的相繼謝世，人心渙散、經濟桔據而回天乏術。
特別是明治28年第八次議會上，漢醫提出的改正法案，僅以27票之差被否決，至此，漢方存續運動宣告失敗。 在淺井國幹泣血告罪於先祖墓前，最後寂然逝去的尾聲裏，結束了漢洋醫家的鬥爭史，漢醫壹敗塗地，逐漸衰亡。
1906年特別是第壹次世界大戰（1914年）後日本出現了重新評價漢方醫學的形勢。1906年在東京召開了第二次日本聯合醫學會，東大教授 三浦謹之助 、 山下順壹郎分別作了《關於針灸治療》、《和漢藥的價值》 的報告，在醫學界引起了巨大的震動，使許多學者對過去的“漢方低級無用論”是否正確不能不反思。
1910年漢方家 和田啟十郎 首先自費出版了《 醫界之鐵椎 》，以自己的臨床實踐闡發了漢方醫學的價值。這部書是很具有戰鬥力的檄文。此後，壹些有相當造詣和地位的現代醫藥界專家，如大政時期的朝比奈泰彥；昭和時期的湯本求真、伊東彌惠治等，他們在實踐中認識到漢方醫學的未來性、自覺投身於這壹艱難事業，由於他們的學識和聲望，因而對堅持和復興漢方醫學給予了極其重大的影響。
尤其是 湯本求真撰寫了《皇漢醫學》 3卷，此書首次結合西洋醫學知識解釋漢夯醫學，成為推動漢方醫學復興的巨大力量。此外，還有壹些取得了西醫資格的漢醫世家後裔，他們誌願追隨漢醫，刻苦鉆研漢方醫學，潛心積累臨床經驗，努力提高漢方醫學的臨床療效，以站穩腳根擴大陣地。如 矢數道明、安西安周、木村長久、細野史郎、清水太郎、柳谷素靈 等，壹並成為漢方醫學復興和發展的奠基人。
第二次世界大戰後，德國、法國也開始研究東方醫學的針術，凡是到德國和法國去的日本醫學者，壹定被詢問關於東方醫學方面的問題，這種實際情況使日本近代醫學者感到吃驚，並使他們認識到那些醫學者們對東方醫學要重新認識了。此外，日本醫學者對近代醫學的新藥、化學藥品的副作用產生了失望情緒和檢討心情，自然而然地把目光轉向東方醫學。
東方醫學應用的天然生藥復合處方，按規定去使用，象化學藥品那樣的副作用簡直可以說沒有。醫藥學界需要的是能對人的體質導致綜合性治療效果的藥品，哪怕它的效果緩慢了壹點也好。漢方藥裏有滿足這種希望的原料藥。過去被譏諷為東方醫學短處的東西，忽而被認為是長處而又重新出頭露面了。東方醫學由於它本身的特點，又開始新的復興。
1950年由矢數道明、板倉武等積極籌劃，四方聯絡，把分散在各地的原“東亞醫學協會”的會員進行登記召集，正式恢復了學會，稱之為“日本東洋醫學會”。 並在十分艱難的情況下召開了第壹次東洋醫學會學術總會。接著又恢復了戰前中醫刊物《漢方和漢藥》。
1954年由矢數道明倡導，聯合了當時漢方名流細野史郎、間中喜雄、森田幸門、馬場辰二等幾人，創辦了《漢方臨床》雜誌、以替代原來的《漢方和漢藥》。在創辦中遇到了種種困難，在連續3年出現赤字的情況下，每人每月拿出自己的收入以支付雜誌的虧損。為了漢方事業的生存和發展，付出了巨大的代價。
至本世紀70年代，在國際“中醫熱”的影響之下，通過日本漢方界的努力，漢方事業得到了很大的發展，出現了壹派興旺的景象。其主要表現在：
? ? ①社會地位的提高。 70年代的日本漢方醫療已經在社會上享有很高的威信，在東洋醫學與西洋醫學對比中，東洋醫學的許多長處已被人們所公認。不僅在民間信仰漢方、應用漢藥，在官方、機關各個階層中亦普遍使用漢藥，就連醫學院校的學生患病時也懼怕化學藥物的副作用而使用漢方制劑。漢方醫學在社會醫療保健中的作用因此得到了各界人士的重視。日本自民黨成立了漢方同盟研究會、中曾根首相任名譽會長， 凡重大社會活動中均有漢方界代表參加 。對漢方醫學作出傑出貢獻的漢方家給予崇高榮譽，在第32次、33次全日本醫師會設立的紀念醫學大會上，由醫師會長武見太郎分別授與了 矢數道明、間中喜雄的“最高優功賞” 。
70年代漢方復興高潮中，日zhengfu為順應民心，於1976年厚生省正式將漢方制劑納入《藥價基準》，開始為43種，1981年增至613種。並把主要的漢方制劑定為保險制劑在全國通用，建立健康保險機構，使保險費源源不斷地輸入到漢方界的機構中。使日本漢方事業的發展有了雄厚的資本。
1972年以北裏研究所附屬東洋醫學會總合研究所為首的壹系列漢方醫學專業科研機構建立。在北裏研究所這座馳名世界的現代醫學研究機構中設立東洋醫學研究年，無異於在現代醫學最高學術領域中公開支持漢方醫學的存在和承認真未來性，其影響的深度和廣度都是非常大的，不僅半個多世紀以來漢方醫學夢寐以求的願望得以實現，而且很快地就帶動了壹批先進專業研究機構的建立，組成了壹個研究系統，出現了空前濃厚的學術研究氣氛，學術水平飛快提高、1979年國家科學技術廳制定了漢方醫學研究綜合計劃，投入10億日元進行證與經絡實質、瘀血、生藥資源確保等研究。為只本漢方醫學迅速發展奠定了基礎。
④學術活動月趨活躍，眉本東洋醫學總會、各地東洋醫學分會、各漢方團體不斷組織各種學術交流，許多著名的漢方醫家經常舉辦學術報告、許座，積極傳播漢方醫學知識和經驗，使漢方醫學更普及，乃至家喻戶曉。在日本社會上形成了壹定聲勢。至此，凡本漢方醫學得以全面復興。