1、二者的作用不同。國家《基本藥物目錄》主要用於指導臨床醫師合理選擇用藥品種，通過引導藥品生產企業的生產方向，保證基本藥物的市場供應。而《基本醫療保險藥品目錄》的主要作用為了控制基本醫療保險支付藥品費用的範圍，是社會保險經辦機構支付參保人員藥品費用的依據。其目的是為了保障參保人員的基本醫療需求，保證醫療保險基金的收支平衡。
2、制定的依據不同。國家《基本藥品目錄》主要考慮藥品臨床使用的合理性和安全性，以及全社會的基本用藥水平。而《基本醫療保險藥品目錄》在考慮參保人員用藥安全和療效的同時，重點要依據基本醫療保險基金的承受能力，要考慮藥品的價格因素。
3、應用範圍不同。國家《基本藥物目錄》適應全社會所有人群，而《基本醫療保險藥品目錄》只適用於基本醫療保險保險的參保人員。
4、執行效力不同。國家《基本藥物目錄》對臨床醫生用藥起指導作用，主要通過對社會宣傳和醫生培訓，引導自覺使用目錄;而基本醫療保險藥品目錄在社會保險經辦機構支付費用時執行。
壹、基藥簡單介紹：
1、基藥，指的是能夠滿足基本醫療衛生需要，劑型適宜、保證供應、基層能夠配備，國民能夠公平獲得的藥品，藥品銷售業內普遍是指進入國家基本用藥目錄的藥品。
2、2009年，各省（區、市）在30%的政府辦城市社區服務機構和縣基層醫療衛生機構實施基本藥物制度，包括實行省級集中、網上公開招標采購、統壹配送、全部配備使用基本藥物並實現零差率銷售。
3、2011年，初步建立國家基本藥物制度，到2020年全面實施規範的、覆蓋城鄉的國家基本藥物制度。建立國家基藥制度，在發揮有利於保障全體人民健康、有利於規範臨床合理用藥、促進醫保體制改革、有利於正確引導藥物研發的重要作用下，也帶給基藥生產企業進壹步優化和整合市場資源、快速發展的新環境。
二、醫保是什麽：
醫療保險壹般指基本醫療保險，是為了補償勞動者因疾病風險造成的經濟損失而建立的壹項社會保險制度。通過用人單位與個人繳費，建立醫療保險基金，參保人員患病就診發生醫療費用後，由醫療保險機構對其給予壹定的經濟補償。
法律依據：
《中華人民***和國藥品管理法(2019修訂)》
第二條在中華人民***和國境內從事藥品的研制、生產、經營、使用和監督管理的單位或者個人，必須遵守本法。
第三條國家發展現代藥和傳統藥，充分發揮其在預防、醫療和保健中的作用。國家保護野生藥材資源，鼓勵培育中藥材。