其次，藥品零售企業要明確藥品質量檔案應收集哪些相關資料，這壹點十分重要，也是部分藥品零售經營企業質量管理人員比較模糊的地方。這裏我們可以簡單的理解為：所謂藥品就是要查看藥品是否具有準字號（應註意未實施批準文號管理的中藥材和中藥飲片），所謂質量就是收集藥品的包裝、標簽、說明書、檢驗報告書（進口藥品檢驗報告書）、進口藥品註冊證，還應該收集供貨單位（藥品生產企業）的資質證明等，所謂檔案就是將收集的各種資料按先後順序集中裝訂成冊，要求美觀大方等。
藥品包裝應該收集最小包裝（可以使用復印件），比較簡短收集；藥品標簽如果進貨時不向供貨方索取，藥品零售經營企業收集藥品標簽就會有些困難；說明書留存有困難時也可以采用復印件；檢驗報告書（進口藥品檢驗報告書）、進口藥品註冊證、供貨單位（藥品生產企業）的資質證明等不僅要在簽定供貨合同時作為合同的必要條款，還要在進貨時向供貨方索取，否則，收集是比較困難的。
最後就是填寫《藥品質量檔案表》，並給予認真分析和評價，確定是否列為合格經營品種。確定為合格經營品種的，再制作藥品質量檔案目錄，將收集的相關資料按藥品質量檔案目錄順序號編輯、裝訂成冊。