“以藥養醫”在公立醫院藥品購銷和處方行為上主要有以下體現：
(1)醫療費用中，藥品費用所占比重很高，全國平均在45%左右，從能夠找到的資料看，中國是世界上藥占比最高的國家；盡管醫療總費用占GDP的比重只有4.7%左右，在同等發展水平國家中屬於偏低水平，但藥品費用占GDP的比重在2%左右，是世界上最高的國家之壹。
(2)藥品價格越高，購銷量越大。
(3)藥品供貨商針對醫院的返利現象普遍存在，其中藥品采購款回款周期長達6個-12個月，相當於藥品供應商長期向醫院提供壹筆無息貸款，這實際上是壹種隱性返利。
(4)回扣現象普遍存在，由此導致的過度用藥、濫用藥現象很嚴重。 無論哪種醫療保障制度模式，全球醫療保障制度面臨著醫療費用日益上漲的壓力。 醫療費用上漲有多種原因，最主要的兩個原因是人口老齡化和醫療技術進步。 全球醫療技術的提高使得越來越多的致命疾病可以醫治，但另壹方面則不可避免醫療費用的上漲。在此背景下，中國國民衛生費用的開支在國民生產總值中的比例也不斷上升，政府難以支付，不得不把醫院推向市場，出臺以藥養醫政策。
1989年，衛生部、財政部、國家物價局聯合發文，提出全面實施醫療機構承包制，醫療機構實行自主管理、自主經營、自主支配財務；允許醫療衛生人員和醫療機構從事各種有償服務。
1989年，國務院批轉衛生部《關於擴大醫療衛生服務有關問題的意見》：“正常醫療任務前提下，可建立特診室，配備高水平醫護人員，提供高質量服務，實行高收費(公費、勞保醫療不予報銷)，向社會開放。” 中國醫療機構的經費來源包括3個：地方財政撥款、醫療服務收入以及藥品差價收入。地方財政撥款取決於地方政府的財政能力，而非醫院的實際預算。基層屬集體所有制的醫療單位，則由所在鄉鎮籌款和縣財政撥款資助。鄉鎮衛生院屬於差額撥款單位，縣財政只負責壹半工資，另壹半需要衛生院自己創收。而鄉鎮負債累累， 財政難以為地方醫療事業撥款。
以全國醫療機構為例，國家撥款僅占總支出的 1 / 4 多，其余近 3 / 4 的費用要靠醫院收入來解決。而醫療服務收入則被物價局的價格限制住了，護理費、手術費、診療費，這類費用已遠遠低於家政和小時工的費用。醫務人員的勞動價值沒有得到承認，不得不依靠藥品差價來維持醫院運轉和福利分紅。
2006年國務院發改委等把部門聯合發布《關於進壹步整頓藥品和醫療服務市場價格秩序的意見》的規定：“縣及縣以上醫療機構銷售藥品，要嚴格執行以實際購進價為基礎，順加不超過15%的加價率作價的規定，中藥飲片加價率可適當放寬，但原則上應控制在25%以內。藥品實際購進價是指扣除各種折扣後的價格。”藥品批零差價使得醫療機構可以從銷售西藥、中成藥和中草藥的收入中分別獲得15%、16%和20%的利潤，醫院鼓勵醫生多開藥。這個規定迫使醫院采購進價高的藥，不再使用降價多的藥。
通過以藥品的高利潤拉動醫院的經濟效益，維持醫院的正常運轉。 據衛生部統計，在醫院收入中藥費的比重平均約為60%以上，少數中小醫院達到70%-80% 。