項目計劃用3年時間（2009年7月-2012年7月），分五個階段，采用師資培訓和普及培訓兩級培訓模式，在全國31個省（自治區、直轄市）的332個設區的市，以巡講的方式對持有麻醉藥品、第壹類精神藥品購用印鑒卡的醫療機構中，約4萬名特殊管理藥品管理人員（含主管院長、藥劑科主任和藥師）、6萬名醫護人員進行培訓。
衛生部會同國家食品藥品監督管理局負責項目的組織和管理，包括確定培訓方案並組織實施、確定培訓內容、指定機構具體負責培訓和考核、對培訓和考核工作進行監督和指導。衛生部合理用藥專家委員會負責全國醫療機構特殊管理藥品管理和臨床合理應用培訓具體實施工作，包括制訂具體工作計劃和工作方案、編寫培訓教材、組織全國師資培訓、組織和指導各地培訓、組織對培訓的督查、命題和考核等相關工作。各省級衛生行政部門負責組織和管理培訓項目在本轄區內的相關工作，指導各地區開展培訓工作，並協助組織對受訓人員的考核工作。
衛生部要求，地方各級衛生行政部門和醫療機構要提高對醫療機構特殊管理藥品管理和臨床合理應用的特殊性和重要性的認識，充分認識開展此次培訓對於提高醫療機構特殊管理藥品管理和臨床合理應用水平的重要意義，以高度負責的態度組織和指導項目的實施，確保培訓工作的順利開展。地方各級衛生行政部門要積極開展本次培訓工作，認真組織培訓項目在本轄區內的相關工作。培訓結束後，及時組織開展對受訓人員培訓效果的檢查、監督和考核工作，保證培訓工作取得實效，充分結合本地實際，采取群眾容易理解和接受的方式，開展形式多樣的宣傳活動，向群眾普及特殊管理藥品管理和合理應用相關知識，推動全社會***同支持和參與特殊管理藥品的合理應用工作。
合理用藥是提高藥物治療水平，降低醫療費用，使病人獲得優質醫療服務的必要條件。提高醫療機構藥事管理水平，促進臨床合理用藥，可以保障患者獲得安全、有效的藥物治療，減輕個人和政府的經濟負擔，同時對於實現安全、有效、方便、價廉的醫藥衛生體制改革目標具有十分重要的意義。據介紹，為加強藥物臨床應用管理，規範醫務人員用藥行為，促進臨床合理用藥，國務院2006年頒布了《麻醉藥品和精神藥品管理條例》，衛生部先後頒布了《醫療機構藥事管理暫行規定》、《處方管理辦法》、《抗菌藥物臨床應用指導原則》、《麻醉藥品臨床應用指導原則》、《精神藥品臨床應用指導原則》、《關於進壹步加強抗菌藥物臨床應用管理的通知》等壹系列規章和規範性文件，對臨床合理用藥做出了明確規定。衛生部在2005-2008年“醫院管理年”活動和2009年“醫療質量萬裏行”活動中，都將加強臨床合理用藥工作作為重要督導內容。各地也通過健全規章制度、加強宣傳教育、監督檢查落實等多種措施，促進藥物合理應用水平不斷提高。 衛生部、國家食品藥品監督管理局有關部門負責同誌，衛生部合理用藥專家委員會有關專家，各省（區、市）衛生廳（局）醫政處有關負責同誌，部分醫院院長、專家代表出席了項目啟動儀式。