衛生站、衛生室、衛生所區別為：基本任務不同、服務級別不同、目標不同。
壹、基本任務不同
1、衛生站：常見病、多發病的診治服務。傳染病防治、兒童計劃免疫、慢性病防治和監控等。兒童保健、婦女保健、老年人保健、殘疾人保健。接納上級醫院轉回的康復期病人，側重於慢性病、術後病人及殘疾病人康復指導和管理。制訂健教計劃，配合社區衛生服務中心開展健康教育。
2、衛生室：接待參合農民，及時為參合病人做好門診登記，書寫好門診病歷，準確、完整記錄診療過程，按照病歷管理及合作醫療管理的有關規定，妥善保存病歷、處方等資料；按規定向參合農民提供正規電腦醫藥費收據、電腦日清單、診斷證明；建好新型農村合作醫療參合病人補償臺賬。
3、衛生所：平時開展門診、巡診、預防接種和消毒、殺蟲、滅鼠，對環境衛生、個人衛生、飲食衛生進行監督，指導分隊戰救技術訓練等；戰時組織實施全營的火線搶救，開設營救護所進行補充急救,後送傷病員，檢查和指導陣地衛生及飲食衛生等。
二、服務級別不同
1、衛生站：是按照國家醫改規劃而設立的非營利性基層醫療衛生服務機構。
2、衛生室：是壹個村級單位的醫療機構，在以前有村衛生室、村衛生所、村醫療點等各種稱呼。新醫改以後，國家將村級醫療機構統壹稱為村衛生室。並將以前的村衛生室、村衛生所、村醫療點進行合並，形成了現在的每個行政村有壹所標準化的村衛生室。
3、衛生所：中國人民解放軍設在營級單位的擔負綜合性衛勤保障任務的機構。
三、目標不同
1、衛生站：建立集預防保健、全科醫療、婦幼保健、康復治療、健康教育、計劃免疫、計劃生育指導為主的 “六位壹體”的連續性、綜合性、低成本、高效率、方便群眾的衛生服務體系。
2、衛生室：建立健全各項規章制度，嚴格執行疾病診療技術規範，確保參合農民得到優質、價廉、方便、安全的醫療服務。
3、衛生所：做好中國人民解放軍合作醫療衛勤保障任務工作。
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