制藥工程專業畢業後，可在與制藥工程(或醫藥生物技術)相關的企事業單位從事藥品生產、經營、營銷、檢驗監管、研發等工作。也適合生物技術、藥學及相關專業的研究生。
在校期間可以考取藥品檢驗員、營養師等資格證書。
畢業後可以從事壹切與毒品相關的工作:比如
R&D人員——在藥廠、高校、科研院所的研究部門從事藥物研發工作；
生產技術人員——在藥廠從事藥品生產和技術工作；
質量檢驗和實驗室人員——在藥廠、食品廠、藥品實驗室從事食品藥品質量檢驗和實驗室工作；
管理人員——在藥廠從事藥品生產的技術管理工作；
營銷人員——在藥廠、醫藥營銷公司從事醫藥營銷和內勤工作；
藥師——在醫院藥劑科，從事制劑、質檢、臨床藥學等工作；在藥店和醫藥營銷公司從事用藥指導和咨詢工作；
藥檢人員——在藥檢所從事藥品質量鑒定，制定相應的質量標準；
公司職員——在醫藥貿易公司或醫藥企業從事藥品流通和國內外貿易。
藥監員——公務員，在國家、省、市、縣藥監局從事食品藥品質量監管工作；
營養師-
考研——報考生命科學、生物技術、藥學及相關專業的研究生。