1、區別在於
我們使用艾條進行養生治療，都是利用艾草這種植物所具有的通經活絡的作用，從根本上來說，無論是清艾條還是藥艾條，其基本成分肯定都是艾草，因此，這兩種艾條在通經活絡方面的作用應該是壹樣的。通常，我們養生健身使用的壹般是清艾條。
藥艾條之所以這樣命名，肯定與清艾條不同，其區別，主要在於藥艾條中加入了壹些其他中藥，壹般藥艾條中通常會加入桂枝、高良姜、藿香、降香、沈香、白芷、陳皮、丹參、川烏生等味藥，所加入的藥物中，有的具有溫陽的作用，有的具有活血的作用，這些藥物需要通過艾條來通經活絡。這些藥物需要通過艾灸的特性，才能發揮出活血溫陽的作用，所以藥艾的使用壹般用於壹些特殊疾病患者的艾灸，比如類風濕性關節炎，使用藥艾進行艾灸，可以更好地發揮藥物的祛濕活血作用，對於病情的恢復有很好的促進作用。
2、功效
清明艾條是壹種中藥類外用藥，主要用於治療風濕骨痛、腰腿痛、關節痛、跌打腫痛、心腹冷痛、經行泄瀉以及四肢麻木和骨節疼痛等癥、具有舒筋活血、化瘀消腫、驅寒除濕、理氣益血的功效。清艾貼的使用方法為外用，壹般每天早、中、晚使用三次，使用時只需將藥物點燃，然後灼燒於疼痛的患處即可，如有特殊情況，可咨詢相關醫師。
清熱解毒艾條效果明顯，見效非常快，副作用很小，是很多人用於血痹的首選藥物。其主要成分是艾絨，除了治療骨關節炎外還可用於腰肌勞損、腹瀉、骨關節疼痛以及肢體麻木等。當然，使用時也有許多需要註意的地方。首先，它是壹種外用藥，禁止內服，而且對於艾葉、艾草過敏的患者或者是過敏體質的患者要慎用此藥。另外，在選購藥品時，要特別註意藥品的生產日期和保質期，禁止使用過期藥品。另外，如果服藥後出現壹系列不良反應，應立即停止用藥，去火藥物治療完全無效，應立即就醫。清艾貼可以有效治療各種酸痛及關節腫痛、關節炎和腰肌勞損等多種疾病，但是，在日常生活中註意自身安全，註意驅寒除濕，加強身體鍛煉也是十分必要的。
三、熏艾的功效
熏艾的功效與作用主要有：1.由於艾條的主要成分是艾絨，而艾絨具有活血化瘀的作用。
2.安神助眠，改善氣滯血瘀。熏艾條的功效與作用對焦慮、失眠等癥狀有很好的療效，能很好地使人釋放壓力，緩解疲勞，達到內外和諧。
3.祛風散寒，疏通經絡。艾條灸主要是利用艾絨發出的火力溫熱穴位，將熱量輸入穴位，達到調理經絡、保健養生的作用。對冬季手腳冰涼或怕冷畏寒的體質有很好的治療效果。
4.緩解消化不良。由於它作用於消化系統，可通過改變胃腸活動，起到溫陰補虛的作用。
5.緩解痛經等虛證。但經期不宜使用，否則會增加經血量，孕婦也不宜使用艾條。