65438-0982，學校開始與農業部、水利部聯合辦學。學校每年在雲南、貴州、陜西、甘肅、寧夏、青海、新疆、河南、安徽等省(區)招生。在農業部和相關省(區)的支持下，學校不斷發展壯大。截至目前，學校已培養各類人才兩萬余人。西南、西北、華北水產行業80%以上是該校畢業生，大部分學生走上領導崗位或成為水產業務骨幹。
5438年6月至2000年2月，學校被教育部定為全國重點中等職業學校(中專)。2001 65438+2月，經四川省水利廳、教育廳、省機構編制委員會辦公室批準，學校加掛“四川省生物科技學校”校牌。2000年，經四川省教育廳批準，重慶市教委同意，四川省水利廳與四川農業大學在郫縣校區共建四川農業大學水產學院，四川省水利廳與西南農業大學在合川校區共建三江職業技術學院。學校是省政府命名的勞務開發培訓基地，省人事廳確定的繼續教育單位，農業部授予的臺灣漁民培訓基地。學校的主要任務是培養水產及相關專業中高級人才，同時還承擔農民工轉崗培訓和臺灣漁民培訓。
學校自成立以來，緊緊圍繞教學開展了多項科研活動，促進教師教學水平和學校教學質量的提高。65438-0978，學校主持的“四川長江水生資源調查”項目獲全國科學大會重大科技成果三等獎。1979期間，學校資助的“中華鱘幼魚培育及人工標誌放流”科研項目獲四川省科技成果三等獎。1988學校主持的淡水養殖飼料配方微機應用軟件研究獲農業部科技進步三等獎，水田半幹旱養魚高產高效研究獲重慶市科技進步二等獎。學校還參與了“渠道金屬網圍欄養魚及配套技術研究”和“四川省漁業區劃資源調查”兩個課題，分別獲得農業部科技進步二等獎和四川省科技進步壹等獎。近年來，學校參與了水利部“948”項目——魚類轉基因技術研究。2006年，學校率先完成了四川省頒布的12水產品地方標準的制定工作。完全由學校主持的中華倒刺鲃人工繁殖及規模化成魚養殖技術研究和鱖魚人工繁殖及成魚養殖技術研究於2006年4月通過了四川省科技廳組織的專家鑒定，鱖魚人工繁殖及成魚養殖技術研究獲省科技進步二等獎。銀合歡人工育苗及成魚養殖技術研究獲四川省水利廳李冰獎三等獎，中華倒刺鲃全人工育苗及規模化成魚養殖技術研究獲農牧漁業豐收獎二等獎。2006年7月，學校完成了四川省涼山州漁業局委托的涼山州漁業資源實地調查，目前正在撰寫調查報告。目前主持涼山州及合川校區鱸魚人工繁殖及成魚養殖技術研究和大鯢人工繁殖關鍵技術研究。
學校還重視並開展國際合作與交流，派教師赴美國、日本和部分非洲國家進行學習和技術合作，與美國奧本大學簽訂了互派留學生協議，與美國加州大學、日本九州大學、臺北水產學院、中科院水產研究所等教育科研單位有著密切的學術和科研交流。
為適應高職教育，學校進行內部機構改革，引進高素質人才(主要是教師)，做好內部管理，提高教育質量，做好畢業生就業安置工作，以“出口”帶動“進口”，使學校招生和畢業生就業實現“進出口”繁榮。每年報考水產學院的誌願都是招生計劃的3倍以上。就業方面，水產、飼料專業畢業生供不應求，就業範圍覆蓋全國各地。阿聯酋和東南亞也有壹些國家從學校選擇畢業生。希望集團、通威集團、龍盛集團、廣東恒興集團、湛江國聯水產發展有限公司、鄭達集團、統壹集團等國內知名企業每年都有本校畢業生就業，為本校畢業生的就業和發展提供了良好的就業機會和廣闊的前景。