通過氧化細菌的活性基團，呈現殺菌作用，高錳酸鉀能有效殺滅多種細菌繁殖體、真菌、結核桿菌；還能滅活乙肝病毒和花蕾，婦科：0。01% 的高錳酸鉀水溶液可用於沖洗陰道；0.02% 的高錳酸鉀水溶液用於坐浴，可治療白帶過多；蜜月中期，用 0.05% 的高錳酸鉀水溶液沖洗外陰，可預防尿路感染。女性痔瘡發病率較高，用0.1%水溶液進行坐浴浸泡，可止癢止痛，預防感染，促使脫出的痔核復位。高錳酸鉀因其殺菌作用，很多女性用它來清洗會陰部，甚至還會用高錳酸鉀洗液來預防性傳播疾病。
不過，高錳酸鉀確實有清潔私處的作用。低濃度的高錳酸鉀溶液能夠沖洗皮膚傷口、潰瘍、鵝口瘡和膿腫。對於女性來說，不同濃度的高錳酸鉀溶液可用於陰部的清洗和消毒，實際使用時，將幾粒高錳酸鉀洗液配制在壹盆清水中，即可起到清洗陰部的作用。男性也可以用高錳酸鉀洗液清洗私處，壹般濃度為0.1%。有些陰道炎不宜使用。如果女性長期使用高錳酸鉀洗液，會殺死大量陰道桿菌，這些桿菌平時寄生在陰道內，有利於保持陰道酸性環境，導致致病菌繁殖。更重要的是，不要壹發現陰道有炎癥就用高錳酸鉀溶液坐浴。細菌性陰道炎和滴蟲性陰道炎可以用高錳酸鉀溶液作為輔助治療，而黴菌性陰道炎用高錳酸鉀治療不能抑制黴菌的繁殖，有時甚至會加重病情。由於高錳酸鉀起效緩慢，必須浸泡 5 分鐘才能殺死細菌。還應註意的是，配制高錳酸鉀溶液時應使用涼水，因為熱水會導致高錳酸鉀分解而失效。配制好的溶液通常只能維持兩個小時左右，當溶液變成棕紫色時就失去了消毒作用。女性應謹慎使用高錳酸鉀，最好在醫生的指導下使用，不要壹發現外陰或陰道有炎癥就用高錳酸鉀溶液坐浴，而應在確診患上何種陰道炎後再使用。此外，不要長期使用高錳酸鉀，以免破壞陰道內的菌群。還需要註意的是，由於高錳酸鉀釋放氧氣的速度較慢，浸泡時間必須達到 5 分鐘才能殺死細菌。
用量：用涼水配制水溶液，熱水會使其分解失效。配制好的水溶液壹般只能保存兩小時左右，當溶液變成棕紫色時，就失去了消毒作用。因此，最好隨用隨取。