從評價方法角度分類，藥物經濟學評價的理論基礎可以分為福利經濟學中的福利主義與超福利主義，二者有著截然不同的理論框架[3,4]（見表1）。值得註意的是，為了方便與超福利主義對應，本文中的福利主義是指廣義上的福利主義，代表新福利經濟學觀點，而不僅僅是新福利經濟學的基本原則之壹（新福利經濟學有四個基本原則[3]：效用原則，個人主權，結果論和福利主義）。福利主義觀點是通用領域經濟學評價的理論基礎，是在固定預算的前提下嘗試最大化個體效用的總和，其分析方法為成本-效益分析，通常用支付意願來測量效用指數，成本和收益都用貨幣計量； 超福利主義觀點主要應用於健康領域，其目的旨在通過選擇比某壹標準更具經濟性的健康產品來最大化健康產出，而這壹標準必須由政策制定者來選擇，其分析方法主要是成本-效果分析與成本-效用分析，成本用貨幣計量，而結果用生命年（Life Year，LY）、質量調整生命年（Quality-Adjusted Life Year，QALY）、傷殘調整生命年（Disability Adjusted Life Year，DALY）等效果、效用指標來測量。
效用是消費商品或服務的相對滿意程度或欲求的測量手段，效用函數是偏好的數字化表現形式。福利主義認為健康是在壹個經濟體制中可以被生產出來的眾多商品之壹，是可以產生效用的消費，它與人們的能力和期望有關，允許不同個體有不同的偏好，並在此基礎上建立了意願支付法 超福利主義不是根據健康與其他商品頭對頭比較的偏好來進行定義，是通過健康產品對健康本身的貢獻，而不管其是否產生效用[5,6]。
福利主義的觀點視壹些人的個體健康價值在與其他商品比較時比其他人要多；超福利主義的觀點則排除任何收入、社會群體的變化，認為所有患同類疾病的個體健康價值都是壹致的。福利主義的觀點在健康領域裏很難實現，因為在實踐中很難測量每個個體增加壹個健康水平的支付意願。超福利主義觀點看似天真，但是它用壹個統壹的標準來衡量所有個體的健康價值，因此在實踐中很容易被執行。此外，將阿瑪蒂亞森的非福利主義觀點引進健康領域並發展為超福利主義的著名健康經濟學家Culyer也認為，健康產品不同於其他商品，有著較強的特殊性，基於效用的福利主義觀點應用於健康領域的經濟學評價是不合適的，並支持使用QALY來測量健康。大多數國家的健康管理部門也特別願意接受超福利主義的觀點，例如英國健康和臨床療效國家研究院（The National Institute for Health and Clinical Excellence，NICE）就是超福利主義觀點的忠實實踐者[7]。
福利主義有著理論完備性的優點，而超福利主義易於實踐，因此壹些超福利主義者常常試圖將兩種觀點的優勢結合起來，建立壹種既有理論完備性又易於在實踐中執行的方法[8]。Johannes-son[9,10]認為，如果成本-效果分析使用壹個外設的評價標準，它就可以被解釋為成本 - 效益分析。由此可見，在有人為設定評價標準幹預下的超福利主義，同樣也具有與福利主義相似的理論完備性。