藥品監督管理行政機構主要包括以下四個方面：
（1）國務院藥品監督管理部門。國家食品藥品監督管理局主管全國藥品監督管理工作。內設辦公室、政策法規司、食品安全協調司、食品安全監察司、藥品註冊司、醫療器械司、藥品發全監管司、藥品市場監督司、人事教育司、國際合作司等職能司（室）。
（2）省、自啟區、直轄市藥品監督管理部門。省級（食品）藥品監督管理局足省級人民政府的工作部門。對省以下藥品臨督管理系統實行垂直管理，履行法定的藥品監督管理職能。
（3）市級藥品監督管理機構。各地、市級行政區根據需要設置藥品監督管理機構，為省級藥品監督管理部門的直屬機構。
（4）縣級藥品監督管理機構。縣（市）根據工作需要設置（食品）藥品監督管理分局，為上壹級藥品監督管理機構的派出機構。
藥品監督管理行政機構：
1.國家食品藥品監督管理局(SFDA)
2.省、自治區、直轄市食品藥品監督管理局
3.地區、市食品藥品監督管理局
4.縣、縣級市食品藥品監督管理局
國務院藥品監督管理部門主管全國藥品監督管理工作。國務院有關部門在各自職責範圍內負責與藥品有關的監督管理工作。國務院藥品監督管理部門配合國務院有關部門，執行國家藥品行業發展規劃和產業政策。
法律依據：
《醫療機構藥事管理規定》 第三條 衛生部、國家中醫藥管理局負責全國醫療機構藥事管理工作的監督管理。縣級以上地方衛生行政部門、中醫藥行政部門負責本行政區域內醫療機構藥事管理工作的監督管理。軍隊衛生行政部門負責軍隊醫療機構藥事管理工作的監督管理。