(1)辦公室
綜合協調委機關和直屬單位的工作，督促重大事項的落實；承辦文電、機要文件、檔案、保密、電子政務、政府信息、政務公開、績效評估、信訪等工作。；起草委員會的重要文件；建立和完善委員會的規章制度；負責委員會的行政後勤工作。
(2)綜合辦公室
綜合分析行業、內貿運行和產業發展中的重大問題；起草委機關重要報告和領導講話，負責全委綜合信息和信息匯總；負責內部期刊的宣傳、編輯和發行；指導、監督和管理典當行業；組織協調委員會的相關研究工作。
(3)政策法規處(省減輕企業負擔辦公室)
組織、協調和參與我省行業和國內貿易的地方性法規和政府規章的起草工作；調查研究經貿系統依法行政和法制建設中出現的新情況、新問題並提出建議，承擔委有關規範性文件的合法性審查，指導委規範性文件清理工作，承擔委有關行政復議和行政訴訟工作；依法指導企業法律顧問工作；綜合協調委機關相關行政執法工作，對全省經貿行政執法進行監督檢查；承擔減輕企業負擔的相關工作。
(4)計劃財務部
負責按規定編制委員會預算草案和決算，管理行政經費和專項經費；指導和監督直屬單位的財務工作；負責委屬和直屬單位國有資產管理、政府采購和內部審計工作。
㈤投資和規劃司
研究、提出並組織實施我省新型工業化發展戰略、規劃和結構調整；組織編制相關專項規劃；監測分析工業固定資產投資情況，提出工商固定資產投資方向；按規定負責工商領域企業投資項目的管理；協調解決重大工業項目建設中存在的問題；按規定辦理工商領域企業投資項目進口設備免稅確認手續；依法對授權範圍內的工程建設招標投標進行監督管理。
(6)工業協調辦公室
組織制定國家產業政策並監督實施，對行業準入進行統籌指導和協調；擬訂產業結構調整目錄，指導和協調產業結構優化升級，統籌和引導新興產業和生產性服務業發展；統籌規劃、指導和協調重大產業基地、產業集群和工業園區；指導和協調我省工業企業與下屬企業的合作；指導和協調閩臺產業對接相關工作；與相關部門統籌、規劃、協調工業化和信息化融合工作。
(7)技術進步處
擬定並組織實施有關產業技術升級和企業技術創新的政策措施；承擔指導和協調企業技術創新公共服務平臺建設的相關工作；引導和推動產學研聯合，組織實施重大產業示範工程；引導引進重大技術裝備的消化和創新；指導和推動全省工業企業新技術、新工藝、新產品的推廣應用；協調工業技術規劃和標準；指導行業質量提升和品牌管理。
(8)企業辦公室
引導和促進工業和內貿企業提高管理水平；擬訂創業投資行業發展規劃和政策，引導和規範創業投資行業發展；承擔創業投資企業的備案管理；參與指導工業和內貿企業的融資工作；指導和推動企業信用體系建設。
(9)中小企業司
負責指導和服務中小企業；牽頭制定促進中小企業發展的政策措施；指導中小企業服務體系建設，負責指導融資擔保體系建設和融資擔保機構、小額貸款機構管理；指導和促進中小企業的對外交流與合作；協調解決中小企業發展中的有關問題；承擔指導和服務鄉鎮企業發展的有關工作。
(10)能源部
負責全省電力、煤炭、石油、天然氣、新能源和可再生能源的行業管理；負責監測能源發展和發布能源信息；銜接電煤生產和供需平衡，協調解決電煤運行中的重大問題；培育和監管能源市場，提出能源價格調整建議；負責煤炭應急儲備等工作；負責全省電網運行調度管理和發電企業並網運行條件審查；按規定承擔煤炭生產、經營和電力行業管理及安全生產監督管理工作。
(十壹)環境和資源綜合利用。
會同有關部門制定並協調實施節約和綜合利用能源、發展循環經濟、推進清潔生產的規劃和政策措施；按規定監督管理固定資產投資項目節能評估和審查；組織對重點用能單位節能目標責任和節能監督管理的評價和考核；開展節能、循環經濟和清潔生產執法監督檢查；推進相關重點工程建設和新產品、新技術、新設備、新材料的推廣應用；組織全省資源綜合利用認定，會同有關部門組織清潔生產審核；協調工業汙染控制；引導再生資源回收利用。承擔福建省節能減排(應對氣候變化)領導小組綜合協調和節能方面的日常工作。
(十二)商業管理和市場體系建設。
制定並組織實施規範市場體系、促進流通標準化的政策；指導大宗商品批發市場規劃、城市商業網點規劃和商業體系建設，推進農村商品流通體系建設；根據有關規定對拍賣、租賃(實物租賃和融資租賃)、汽車流通、舊貨流通和再生資源流通等行業進行監督管理；依法承擔商業服務業(包括商業、餐飲、住宿及相關服務業)的行業管理和安全生產監督管理，指導商業服務業的文明施工；推進流通體制改革，發展連鎖經營、商業特許經營、物流配送、電子商務等現代流通方式；指導流通領域科技、節能降耗工作。
(十三)市場運行調節處(省副食品基地辦公室)
制定並組織實施規範商品市場運行的政策；負責監測分析市場運行、商品供求、調查分析商品價格信息、預測預警和信息引導；負責建立和完善生活必需品市場供應應急管理機制；負責組織實施重要消費品的市場調節和重要生產資料的流通管理，組織實施重要商品(肉、糖、蔬菜等)的市場調節、儲備管理和應急商品調節。);負責城市副食品基地建設，協調副食品生產和供應；監督管理原油、成品油流通，按照有關規定承擔應急保障；負責酒類流通管理；依法承擔相關行業的安全生產監督管理。
(14)市場秩序司
牽頭協調整頓和規範全省市場經濟秩序和社會信用體系建設；推進商務領域信用建設；組織國內貿易綜合行政執法；指導和管理業務報告和投訴；負責畜禽屠宰管理。承擔省整頓和規範市場經濟秩序領導小組和省社會信用體系建設領導小組的日常工作。
(十五)裝備工業部(國防科技工業辦公室)
承擔國防科技裝備工業(含民爆器材)管理工作，協調解決行業發展中的重大問題；組織實施產業政策，制定相關行業的發展戰略、中長期規劃、年度計劃和產業政策建議，引導產業布局，促進技術進步和結構調整；負責起草相關行業的地方性法規和政府規章；制定行業技術規範和標準；負責工業經濟技術信息的統計、收集、整理和發布；依法負責民用爆炸物品生產經營許可證的發放和管理；依法承擔相關行業的安全生產監督管理。承擔省國防科技工業領導小組的日常工作。
(十六)原料工業廳(省禁止化學武器公約辦公室、省稀土辦)
承擔鋼鐵、有色金屬、黃金、稀土、石化、化工、建材等行業管理，協調解決行業發展中的重大問題；組織實施產業政策，制定相關行業的發展戰略、中長期規劃、年度計劃和產業政策建議，引導產業布局，促進技術進步和結構調整；負責承辦我省禁止化學武器公約相關事務，按規定管理監控化學品的生產、銷售、儲存和使用；依法負責農藥產品生產經營許可證的發放和管理；負責指導新型墻體材料的發展應用管理和散裝水泥的監督管理；組織、協調和指導全省稀土綜合開發和合理利用；負責起草相關行業的地方性法規和政府規章；制定行業技術規範和標準；負責工業經濟技術信息的統計、收集、整理和發布；依法承擔相關行業的安全生產監督管理。
(十七)消費品工業司
承擔輕工、紡織、食品、醫藥、家電等行業和醫藥商業行業的管理工作，協調解決行業發展中的重大問題；組織實施產業政策，制定相關行業的發展戰略、中長期規劃、年度計劃和產業政策建議，引導產業布局，促進技術進步和結構調整；制定並組織實施鹽業發展規劃的政策措施，制定並組織實施全省工業鹽和食鹽年度生產總量平衡計劃和政府儲備計劃，負責全省食鹽專營監管和執法工作；承擔中藥材生產扶持項目的管理和省級國家醫藥儲備的管理與監督；負責起草相關行業的地方性法規和政府規章；制定行業技術規範和標準；負責工業經濟技術信息的統計、收集、整理和發布；依法承擔相關行業的安全生產監督管理。
(十八)經濟技術協作處(省政府對口支援辦公室)
負責組織、協調、指導和服務經濟技術合作和區域經濟合作；參與制定我省經濟技術合作和區域經濟合作的相關政策；聯系其他省政府駐福建辦事處；指導和協調全省對口支援工作，牽頭編制和組織實施對口支援指導性計劃；參與我省對口支援項目的規劃、協調和監督檢查。
(十九)前廳。
組織協調相關部門做好前期支持工作；指導和督促有關部門做好戰備物資的儲存和管理工作；承擔軍民共建相關工作；協助有關部門做好部隊後勤供應工作，幫助支持駐閩部隊搞好生產生活項目建設。承擔省國防動員委員會前方辦公室的具體工作。
(20)食品安全辦公室
負責食品安全綜合協調和食品安全綜合信息發布，協調或組織重大食品安全事故的調查處理；組織實施國家食品安全法律、法規和方針政策，參與起草我省食品安全監管地方性法規和政府規章；負責制定全省食品安全工作的中長期發展規劃和年度工作實施計劃，確定食品安全工作的重點和階段性工作目標；負責建立和完善全省食品安全工作信息報告和發布制度；負責組織、協調、綜合全省食品安全工作的重大問題，向省政府提出意見和建議；根據年度預算，負責省級食品安全重點工程建設資金支持計劃；負責組織全省食品安全工作的專項治理和年度檢查；牽頭組織協調食品安全信用體系建設。承擔省食品安全委員會的日常工作。
(二十壹)人事部
負責委員會及其直屬單位的機構設置和人事管理；承擔組織和指導工程經濟系列專業技術職務評審的相關工作。
黨委
負責委機關和直屬單位的黨群工作。
離退休幹部工作處
負責委機關離退休幹部工作，指導直屬單位離退休幹部工作。
四。人員配備
省經貿委行政編制218(含離退休幹部職工5人，經濟運行局行政編制)。其中，局長1人，副局長5人(不含兼職)，處級領導24人(含黨委專職副書記1人，離退休幹部局長1人，經濟運行局局長1人)，副處級領導36人。
機關工作人員32人(含離退休幹部、工作人員司機6人)。
五、直屬行政事業單位
省經貿委經濟運行局，機構規格正處級。
主要職責:監測分析工業運行形勢並發布相關信息，協調解決運行中的相關問題；擬定工業運行調控目標、政策和措施，負責全省工業總量平衡；建立並組織實施重點行業、重點企業、重點產品運行和應急調度機制，組織煤、電、油、氣等重要物資的應急調度；指導工業安全相關工作；制定並組織實施全省重點農產品、重要工業品、重要原材料等調控方案；牽頭協調各種運輸方式；牽頭制定並組織實施現代物流業發展戰略和規劃；建立工業企業服務機制。