中國醫藥商業協會連鎖藥店分會成立於2001年，是國家民政部批準成立的中國醫藥商業協會的分支機構。分會會長由中國醫藥商業協會秘書長王錦霞擔任。連鎖藥店分會在中國醫藥商業協會領導下開展工作，在醫藥零售行業中發揮橋梁和紐帶作用。連鎖藥店分會有會員單位近300家，其中，副會長單位11家，理事單位50余家。
中國醫藥商業協會連鎖藥店分會的宗旨是為醫藥行業零售企業服務，維護會員單位的合法權益，加強醫藥零售行業自律，促進醫藥零售行業的發展，更好地滿足人民群眾用藥安全有效，及時方便。
中國醫藥商業協會連鎖藥店分會主要任務是：
1．對醫藥零售企業實施行業管理，並進行指導、協調和服務。
2．加強會員單位之間的橫向聯系以及會員單位與工業企業、商業企業之間的聯系。
3．推廣科學的管理方法和先進的經營模式，組織行業內及行業間的企業管理、改革經驗的交流，促進零售企業深化內部改革，推動醫藥零售企業發展。
4．反映、呼籲會員單位要求，為政府制定行業政策提供依據和參考。
5．制定並實施行規行約，加強行業自律。
6．積極開展國際交往。組織與國外同行交流，學習先進的零售經營模式和管理方法。
7．開展醫藥零售市場調研工作．采集企業數據、進行統計分析，研究市場發展趨勢及熱點問題，為會員單位提供有效的反饋意見或建議。
8．出版行業刊物，傳遞有關行業政策，市場動態，先進管理經驗等信息。
9．承辦中國醫藥商業協會委托的有關工作。
中國醫藥商業協會每年組織會員單位進行全國60余家醫藥商業企業156個品種銷售數據統計分析；全國26家商業企業全部銷售品種數據分析；全國30個省、區、市109個藥品零售物價指數分析；全國藥品零售連鎖企業基本情況（包括門店數量、經營面積等指標）、銷售、利稅百強統計等內容的調查、排序，並在國內主要媒體發布，以增強企業影響力。