1 藥品通用名稱的翻譯
首先需要明確，藥品名稱壹般包括藥品的通用名稱(generic name或nonpropniatory name)和藥品的商品名稱(brand name或trade name)。根據我國藥品管理的有關規定，使用藥品名稱，需得到國家藥監部門的批準，這裏的藥品名稱包括其通用名稱和商品名稱。藥品商品名通常不需要翻譯，因此，本文僅針對藥品通用名稱進行討論。
依據
為避免壹藥多名而給患者乃至醫生帶來混淆，需要有統壹的藥品名稱，為此國家藥典委員會制定了專門的藥品命名原則，規定了壹致的藥品通用名稱，這種通用名稱壹旦被國家衛生行政部門批準載入藥品標準，即成為藥品法定名稱。
因此，藥品法定名稱應該是唯壹的，並且應該首選按法定名稱進行翻譯：但現實中由於翻譯的或者習慣的因素，有些藥品在消費者和醫生中已經有了不同的慣用名稱，所以，也存在著許多有兩個藥品法定名稱的情形，如乙酰水楊酸(阿司匹林)、雙嘧達莫(潘生丁)、維生素E(抗生育酚)；在實踐中還常常有這樣的情形，藥品化合物還未在我國獲得上市許可，因此還沒有法定名稱，但可能已有多個開發機構給出不同的譯文或者被收載到某些詞典中。在後兩種情況下，就需要譯者來選擇和確定最佳譯文，必要時還需要註明原文。
翻譯原則
了解藥品通用名稱命名細則，可以更好地進行藥品通用名稱的翻譯。例如，對於原料藥和制劑而言，其通用名壹般都是由多個詞綴組合而成的，中文譯名也應盡量逐個與英文名相對應。可采取音譯，意譯或音意合譯，壹般以音譯為主。音譯就是按英文藥品名稱的讀音譯成相同或相近的漢語。如Tamoxitn他莫西芬，Ritalin利他林、Chlorpromazine氯丙嗪：在音節較多時，也可采取簡縮命名，如Amitriptyline阿米替林。意譯就是按藥品名稱所表達的含意譯成相應的漢語，例如，cholic Acid膽酸、Tetracyline四環素。音意合譯就是藥品名稱中的壹部分采用音譯，另壹部分采用意譯，Neostigmine新斯的明(neo－新)，Medemycin麥迪黴素(－mycin黴素)。與酸成鹽或酯類的藥品，統壹采取酸名列前，鹽基(或堿基)列後，譯為“某酸某酯”或“某酸某鹽”，如rosiglitazone maleate馬來酸羅格列酮，季銨鹽類藥品，壹般將氯、溴置於銨前，如Benzalkonium Bromide苯紮溴銨，除沿用已久者外，盡量不用氯化×××，溴化×××命名：對於光學異構體的命名，左旋或右旋，以左或右冠於通用名前：對於酸式鹽，以“氫”表示，如碳酸氫鈉，而不用“重”字等等。
需要說明的是，為快速和準確地進行藥品名稱的意譯以及音意合譯，需要譯者積累有相當數量的詞幹，尤其是世界衛生組織(WHO)發布的國際非專利名稱(INN)的詞幹，例如，－abine他濱、－statin他汀，-amivi米韋、－acetam西坦、－mycin－黴素、－tadine他定、－o／alo洛爾等等。
2 藥品化學名的翻譯
與通用名相比，化學名尤其是系統命名的翻譯往往要復雜得多，因為其往往涉及到各種化合物和基團的分類及命名規則，對於某些復雜結構的化合物而言，往往還需要譯者有較好的有機化學功底方能應付。
PCT專利申請中的藥物成分絕大多數都是化合物，包括合成的和提取分離的化合物，其化學名稱除了僅很小壹部分可使用慣用名或俗名外，其余由於基本上都是新的化合物而並沒有公認的通用名，因此，只能以系統命名表示其結構。在研究和開發階段中，在系統命名的基礎上，還常常輔以研發其的制藥公司所給予的代號或編號來對其進行表示。但是，無論如何，系統命名對於表示壹種化合物來說總是最基本和最準確的。
命名原則
化合物的系統命名有基本的規則。最主要的就是國際純化學和應用化學聯合會(International Union ofPure and Applied Chemistry，IUPAC)所頒布的IUPAC命名法，有1979和1993年兩個版本(網址etracarboxylicacid丁烷四羧酸(誤譯：丁四酸，註意前者是8個碳原子，後者4個碳原子)；poly(carboxylic acid)多元酸(誤譯：聚合羧酸)，silicon(矽)和siljca(二氧化矽)：aluminum(鋁)和alumira(氧化鋁)，malic acid(蘋果酸)和maleic acid(馬來酸)；chitin(甲殼質)和chitosan(殼聚糖)：Carboxyl{羧基)和carbonyl(羰基)；nucleotide(核苷酸)和nucleoside(核苷)；OXO(氧代，代替的是氫原子)和oxa(氧雜，代替的是碳原子)等等。
類似的情況還有很多，不可能在此壹壹列舉，需要在日常翻譯工作中多加總結和積累，從而不斷提高翻譯質量和水平。