除當場作出行政許可決定外，縣級以上地方食品藥品監督管理部門應當自受理申請之日起20個工作日內作出是否準予行政許可的決定。因特殊原因需要延長期限的，經本行政機關負責人批準，可以延長10個工作日，並告知申請人延長期限的理由。縣級以上地方食品藥品監督管理部門根據申請材料審查和現場核查情況，對符合條件的，作出準予經營許可的決定，並自作出決定之日起10個工作日內向申請人頒發食品經營許可證；不符合條件的，應當及時作出不予許可的書面決定並說明理由，並告知申請人享有依法申請行政復議或者提起行政訴訟的權利。《食品經營許可證》的頒發日期為作出許可決定的日期，有效期為5年。
食品生產經營衛生許可證是衛生許可證的類別之壹，是國家衛生主管部門向食品生產經營者頒發的允許食品生產經營的法律憑證。在我國，根據《食品衛生法》的規定，食品生產經營企業和食品攤販必須取得衛生許可證後，才能向工商行政管理部門申請登記或變更登記。衛生許可證的發放管理辦法由省、自治區、直轄市人民政府衛生行政部門制定。
發放衛生許可證的對象包括供人類消費或飲用的各種成品和原料，以及傳統上既是食品又是藥品的物品，但不包括以治療為目的的物品。可以適用衛生許可證的行為包括所有事物的生產(不包括種植和養殖)、收集、購買、加工、儲存、運輸、展示、供應和銷售。衛生許可證的使用者包括所有從事食品生產經營的單位或個人，包括職工食堂和食品攤販。