加熱可以破壞微生物中的酶、蛋白質和核酸，導致微生物死亡。熱力滅菌可分為幹熱滅菌和濕熱滅菌。在相同溫度下，濕熱滅菌的效果優於幹熱滅菌。主要原因是濕熱滅菌時由於水分的存在，蛋白質容易變性。濕氣容易濕潤微生物膜壁，濕熱的穿透力大於幹熱。
常用的幹熱滅菌方法有兩種:火焰滅菌和幹熱空氣滅菌。
紫外線滅菌法
是指通過紫外線照射殺滅微生物的方法。壹般用於殺菌的紫外線波長為200~300nm，殺菌力最強的波長為253.7nm，紫外線作用於核酸蛋白使其變性，同時紫外線照射空氣產生微量臭氧，從而起到殺菌作用。紫外線是直線傳播的，會被不同的表面反射。穿透力較弱，但更容易穿透幹凈的空氣和純凈的水。因此，該方法適用於輻照表面的滅菌和無菌室中空氣和水的滅菌。不適用於藥液和深層固體物質的滅菌；普通玻璃可以吸收紫外線，所以玻璃容器中的藥物不能用這種方法滅菌。紫外線照射人體時間過長，會出現結膜炎、紅斑、皮膚灼傷等癥狀，所以人們通常在進入室內前的1~2小時打開紫外線燈，關掉後再進入潔凈室。如果人進去後需要開啟紫外線殺菌，人的皮膚和眼睛要有有效的防護措施。壹般6~15m3的空間可以安裝30瓦的紫外線燈，離地2.5~3m為宜。
使用紫外線消毒時，請註意以下問題:
1，紫外線的殺菌力隨著使用時間的增加而降低。當使用時間達到額定時間的70%時，應更換紫外線燈管，以保證殺菌效果。國產紫外線燈的平均壽命壹般為2000h·h。
2.紫外線的殺菌效果因菌種不同而異，殺滅黴菌的照射量是殺滅細菌的40~50倍。
3.紫外線照射通常是根據60%的相對濕度來設計的。當室內濕度增加時，應相應增加曝光量。
4.紫外線殺菌效果與照射時間有關，需要驗證才能確定照射時間。
5.紫外線照射燈的安裝形式和高度應根據實際情況並參照使用說明書確定。滅菌方法的驗證采用生物指示劑挑戰試驗，生物指示劑多為枯草芽孢桿菌。
微波滅菌法
微波是指頻率在30 ~ 30 ~ 3000 MHz之間的電磁波。水能強烈吸收微波，使其極性分子旋轉，分子間摩擦產生熱量，溫度迅速升高，受熱殺菌。可在幾十秒內達到100 ~ 150℃，液體中的微生物全部被殺滅，適用於水溶性註射液的滅菌。此外，固體藥材和固體制劑(丸劑、散劑、膠囊粉劑等。)還含有少量的水分，微波可以穿透固體，由表及裏均勻加熱，從而起到幹燥殺菌的作用。它主要用於口服液體制劑的滅菌，並有望用於註射劑的滅菌。但可能會影響某些藥物的PH值、含量和顏色。
輻射滅菌法
輻射滅菌是利用γ射線和β射線殺滅細菌的方法，也稱為電離輻射。前者由鈷-60或銫-137發射，穿透力強。後者由電子加速器產生，帶電，穿透力弱，殺菌效果差。
化學消毒方法
化學滅菌法是指用化學藥品殺滅微生物的方法。同樣的化學物質，低濃度時有抑菌作用，高濃度時卻能殺死細菌。其殺菌機理可能是:可引起微生物蛋白質變性死亡，或與酶系統結合影響代謝，或改變膜壁通透性使微生物死亡。常用的方法包括消毒劑消毒和化學氣體消毒。
用消毒劑消毒
消毒是指殺滅病原微生物的方法。但大多數化學消毒劑只能殺滅微生物的繁殖體，而不能殺滅孢子，並能控制壹定範圍的無菌。消毒劑可配制成適當的濃度，對材料、環境、器具進行噴灑、擦拭或浸泡消毒。常用的化學消毒劑有0.1% ~ 0.2%苯紮溴銨溶液、3% ~ 5%苯酚或煤酚皂溶液、75%乙醇等。通常用於表面消毒。但需要註意的是，其濃度不能過高，以防化學腐蝕。潔凈室的墻壁、天花板、門窗、機械設備、儀器、操作臺、汽車、桌椅、人手(手套)等在環境驗證和日常生產中應定期清潔，並噴灑消毒劑。無菌室使用的消毒劑必須在層流工作臺中，使用前用0.22μm濾膜過濾。
化學氣體消毒
指利用化學品產生的氣體或蒸汽殺滅微生物的方法。
1.環氧乙烷滅菌法
環氧乙烷滅菌是壹種使用環氧乙烷氣體的滅菌方法。是壹種傳統的滅菌方法，可應用於不耐加熱滅菌的工作服、藥品、醫療器械、設施設備的滅菌。
在環氧乙烷滅菌系統中，影響滅菌效果的主要有以下四個重要因素:
1，溫度；2.濕度；3.氣體濃度；4.殺菌時間。因為環氧乙烷易燃易爆，明火會引起燃燒，同時氣體分解也可能引起爆炸，所以在環氧乙烷滅菌中要非常註意安全問題。
2.甲醛和其他蒸汽熏蒸方法
甲醛、丙二醇或過乙酸等化學物質用於通過加熱產生蒸汽來消毒空氣環境。
(1)，計算房間體積，按10g/m3的比例稱量甲醛。
(2)將甲醛倒入甲醛發生器、加熱板或燒杯中，放好水加濕，必要時加入高錳酸鉀(2~3g/m3)，然後加熱(甲醛發生器用蒸汽加熱，加熱板或燒杯用熱水加熱)使其蒸發成氣體。
(3)殺菌過程:停止空調運行→啟動甲醛氣體發生器或加熱板加熱甲醛→讓甲醛氣體擴散約30分鐘→啟動空調讓甲醛氣體循環約30分鐘→停止空調，熏蒸房間不少於8小時→對房間進行排氣，用新鮮空氣置換約2小時→恢復正常運行。相對濕度在65%以上，溫度在24~40℃時，甲醛氣體的消毒效果最好。
3、臭氧消毒法
臭氧(O3)的消毒原理是臭氧的分子結構在常溫常壓下是不穩定的，它迅速將自身分解為氧氣(O2)和單個氧原子(O)。後者活性強，對細菌的氧化作用強。臭氧氧化分解細菌中葡萄糖氧化所必需的酶，從而破壞其細胞膜，將其殺死。多余的氧原子會自行重組為萬能氧分子(O2)，且無有害殘留，故被稱為無汙染消毒劑。它不僅對各種細菌(包括肝炎病毒、大腸桿菌、綠膿桿菌和雜菌等)有很強的殺滅能力。)，而且對陶冶也很有效。